Pusingan kedua menyaksikan kehidupan sebenar di dunia yg digelar Zion dimana ia adalah penempatan terakhir manusia setelah dikuasai oleh mesin-mesin pintar(IA). Neo - yg terpilih oleh peramal dalam sistem matrix dan dipercayai oleh Merpheous dan rakan2 rapat yang lain, dipercayai dapat mengelakkan pertembungan / peperangan dengan mesin-mesin yang jauh lebih berkuasa dari manusia pd zaman tersebut. Walaubagaimanapun, Neo dikehendaki menemui peramal (The Oracle) didalam sistem matrix untuk mengetahui tindak tanduk seterusnya yg akan membawa keamanan dalam kehidupan manusia pd masa itu. Tika itu, salah satu kapal ditinggalkan di kerangka matrix bagi mendengar mesej dari oracle seterusnya menyampaikannya kepada Neo kelak.Episod tentang dunia Zion pun dipaparkan secara teliti. Manusia hanya duduk berdekatan dgn kerak bumi (yg masih berbahang) manakala mesin2 menetap dimuka bumi menguasai segenap sudut diatasnya. Semangat mereka tidak pernah luntur dalam menghadapai serangan mesin2 tersebut. Didalam juga memaparkan sikap manusia yang terbahagi kepada 2 iaitu satu yang percaya kepada senjata bagi menghadapi mesin2 tersebut, dan satu percaya pada ramalan yang akan dibawa oleh Oracle kepada Neo. Namun, kebanyakkannya, hanya percaya senjata sahaja terutama komander perang yang meperlekehkan usaha Merpheous dan juga tidak mempercayai akan Neo.Akhirnya, mesej dari Oracle diterima Neo. Neo pun bergerak ke kerangka matrix bagi seisi pertemuan tersebut. Pertemuan santai kali kedua dengan Oracle tersebut merungkai segala-galanya. Oracle memberi isyarat bahawa jika inginkan Zion selamat, hendaklah berjumpa dengan si pembuat kunci (The Key Maker) yang akan membawanya berjumpa dengan sesorg yang digelar Arkitek. Key Maker tersebut dijaga oleh seorang lelaki Perancis yang mempunyai akses hebat didalam matrix. Dan melalui pertolongan dari teman wanita lelaki tesebut membawa kepada penemuan Key Maker yang sudah mengetahui akan kehadiran Neo dan rakan2 yang lain.Aksi pertempuran ketika menyelamatkan Key Maker benar2 hebat. Neo menguasai segala cabang gerakan seni pertahankan diri dan elemen kejar-mengejar turut membabitkan ejen-ejen yang lain. Mendebarkan dan mengasyikkan!Watak lain yg tidak kurang hebat dan menjadi antara tunggak atas filem ini nanti ialah watak bekas ejen - Smith - yang didakwa oleh dirinya sudah bebas dari kerangka matrix dan telunjuk mesin akibat dari pertarungan dengan Neo di episod pertama. Malah bukan itu sahaja, Smith berjaya membuat salinan dirinya ke orang lain yang bersambung dengan kerangka matrix samada manusia ataupun ejen. Ini menjadikan Smith menjadi duri dalam daging antara peperangan dunia mesin dan manusia.Setelah menempuhi banyak dugaan, akhirnya Neo berjaya berjumpa dengan si arkitek. Arkitek menerangkan dengan terperinci ttg penemuan matrix berdasarkan sifat semulajadi manusia. Penerangan yang terlalu rumit utk difahami tetapi dapat diringkaskan bahawa walau sekuatmanapun manusia itu, ia tetap adalah kelemahan dan salahsatunya adalah perasaan CINTA. Arkitek memberi 2 pilihan (berbentuk pintu) kepada Neo iaitu satu adalah pintu ke asas kerangka matrix - bermaksud Neo terpaksa melupakan Zion dan rakan2 yang lain serta membina matrix yg baru dan satu lagi adalah pintu pulang semula ke Matrix yang sedia ada bermaksud terpaksa melawan jutaan mesin2 yang hebat yg dikatakan mustahil dapat ditundukkan manusia. Tanpa berfikir dua kali, Neo terus melangkah ke Pintu kedua yang menyambungnya ke matrix yang sedia sambil dipandang sinis oleh si arkitek. Neo keluar dan klimaknya adalah menyelamatkan kekasihnya - Trinity dari kematian di alam matrix. Neo kembali ke dunia sebenar dan kebetulan kapal mereka mengalami sedikit masalah di kerengka matrix. Mesin2 dapt mengesan kehadiran kapal mereka dan menyerangnya. Neo dan lain2 dapat melarikan diri dari mesin terbabit dan diakhir cerita Neo tidak sedarkan diri bila melawan mesin tersebut dengan menggunakan tangannya.