Pada kurun masa 2006-2016 banyak kekurangan yang berlaku di sistem Transjakarta, contohnya kerosakan pada jambatan penyeberangan, kurangnya armada yang menampung penumpang, kurangnya pengudaraan udara pada stesen BRT, di beberapa koridor di laluan buswaynya tidak steril masih terdapat yang dimasuki kenderaan peribadi, dan masih banyak lagi. Namun sejak di bawah kepemimpinan Budi Kaliwono, beberapa kekurangan tersebut sudah diatasi, seperti menambah jumlah armada, menambah laluan pengumpan dan lintas koridor, memberhentikan operasi bas Transjakarta yang kurang layak, dan masih banyak lagi walaupun masih terdapat kekurangan yang belum diatasi seperti jambatan penyeberangan yang masih , masih tidak sterilnya laluan Transjakarta, dan kurangnya pegawai di stesen BRT.[34]