Idea pembangunan projek Bas Rapid Transit di Jakarta muncul sekitar tahun 2001. Kemudian idea ini dimajukan oleh Gabenor DKI Jakarta semasa itu, Sutiyoso. Sebuah institut bernama Institute for Transportation & Development Policy (ITDP) menjadi pihak yang penting yang mengiringi proses perancangan projek ini. Konsep awal dibuat oleh PT Pamintori Cipta, sebuah perunding pengangkutan yang sering bekerjasama dengan Kolej Perhubungan DKI Jakarta. Selain pihak swasta, terdapat beberapa pihak lain yang juga menyokong dan menjayakan projek ini, di antaranya ialah badan bantuan Amerika (US AID) dan The University of Indonesia's Center for Transportation Studies (UI-CTS).[6]

Transjakarta memulakan operasinya pada 15 Januari 2004, dilaksanakan dengan perasmian Koridor 1, dengan tujuan memberikan perkhidmatan pengangkutan awam yang lebih cepat, selesa, dan berpatutan bagi warga Jakarta. Sejak awal operasi Transjakarta ini, kadar tambang telah ditetapkan dan disubsidi oleh kerajaan. Dalam rangka sosial dan pengenalan pengangkutan awam ini kepada masyarakat, pada 2 minggu pertama operasinya (15-30 Januari 2004) pengguna Transjakarta tidak dikenakan tambang. Bermula pada 1 Februari 2004, tambang Transjakarta mula dikuatkuasakan dengan kadar Rp2000. Pada tahun 2012, Kolej Perhubungan DKI Jakarta memutuskan untuk menaikkan tambang Transjakarta sehingga Rp3500.

Beberapa pembangunan sejak pasca-perasmian Koridor 1 telah dilakukan, antara lainnya adalah jawatan pemandu bas perempuan, menambahbaik prasarana bas dan stesen BRT, menetapkan zon khas perempuan, menempatkan pegawai di dalam bas, menetapkan piawaian uatuk laluan Transjakarta dengan gambaran manual dan juga automatik, menguji cuba sistem contra-flow (laluan Transjakarta yang berlawanan arus dengan laluan umum yang bertentangan), serta perkhidmatan bagi pengguna kehilangan upaya (OKU).

Selepas Koridor 1 berjaya dilaksanakan, koridor-koridor yang seterusnya mula dibangunkan dan dirasmikan secara beransur-ansur:

• Koridor 2 dan 3 dirasmikan pada tangggal 15 Januari 2006.
• Koridor 4, 5, 6, dan 7 dirasmikan pada tanggal 27 Januari 2007.
• Koridor 8 dirasmikan pada tanggal 21 Februari 2009.
• Koridor 9 dan 10 dirasmikan pada tanggal 31 Disember 2010.
• Koridor 11 dirasmikan pada tanggal 28 Disember 2011.
• Koridor 12 dirasmikan pada tanggal 14 Februari 2013.
• Koridor 13 akan dirasmikan pada tanggal 22 jun 2017.

Transjakarta sebagai pengangkutan utama semakin ditambahbaik. Laluan bas pengantara (feeder busway) juga beroperasi pada tahun 2011 di tiga wilayah, iaitu SCBD, Puri Kembangan, dan Tanah Abang, namun ditutup pada bulan Disember 2012 kerana pengendali menganggap laluan-laluan tersebut kekurangan pengguna dan menyebabkan kerugian.[7] Buat masa ini, pengangkutan utama Transjakarta terdiri daripada bas pengantara yang beroperasi di dalam mahupun di pinggir bandar.

Pada tanggal 21 April 2016, bertepatan dengan Hari Kartini, PT Pengangkutan Jakarta melancarkan bas khas perempuan. Terdapat dua bas khas perempuan yang dilancarkan. Bas tersebut berwarna putih-merah muda dan hanya beroperasi di Koridor 1 sahaja. Sesuai dengan nama bas tersebut yang hanya boleh dinaiki oleh pengguna perempuan sahaja dan bas tersebut dikendalikan oleh pemandu perempuan.[8]