Pewnghuni manusia terawal di tanah Uganda merupakan golongan pemburu-pengumpul. Antara 2000 dan 1500 tahun dahulu masyarakat berbahasa Bantu yang barangkali berasal dari kawasan tengah dan barat benua Afrika, berhijrah ke bahagian-bahagian selatan negara.[1][2] Golongan-golongan ini membawa dan mengembangkan kemahiran pertukangan besi dan ide-ide baru untuk pertubuhan sosial dan politik. Empayar Kitara pada abad ke-14 dan ke-15 dijadikan satu contoh bentuk terawal organisasi formal, diikuti kerajaan Bunyoro-Kitara, dan, kemudiannya, Buganda dan Ankole pada abad-abad seterusnya.[3]

Orang Nilotik termasuk orang Luo dan Ateker memasuki negara dari utara, barangkalinya sejak tahun 120 M. Kebanyakan mereka ialah gembala lembu dan petani sara diri yang bertumpu di kawasan utara dan timur negara. Sebilangan orang Luo menyerang masuk kawasan Bunyoro dan berasimilasi dengan orang Bantu di sana, lalu menubuhkan dinasti Babiito di bawah Omukama (pemerintah) Bunyoro-Kitara.[4] Migrasi Luo berterusan sehingga abad ke-16, dengan beberapa orang Luo tinggal bersama orang Bantu di Uganda Timur, manakala yang lain menghala ke pantai barat Tasik Victoria di Kenya dan Tanzania. Orang Ateker (Karimojong dan Teso) menduduki bahagian timur laut dan timur negara, dan ada yang bergabung dengan orang Luo di kawasan utara Tasik Kyoga.

Pedagang Arab berpindah ke pedalaman dari pantai Lautan Hindi Afrika Timur pada 1830-an, diikuti oleh peneroka British pada yang mencari punca Sungai Nil pada 1860-an. Mubaligh Protestan memasuki Uganda pada tahun 1877, diikuti mubaligh Katolik pada tahun 1879.[5] United Kingdom meletakkan kawasan Uganda di bawah piagam Syarikat Afrika Timur British pada tahun 1888, dan memerintahnya sebagai naungan sejak tahun 1894. Setelah disepadukan dengan wilkayah dan kerajaan yang lain, naungan muktamad bernama Uganda terbentuk pada tahun 1914.

Uganda mencapai kemerdekaan pada tahun 1962, dengan Milton Obote memegang kuasa eksekutif sebagai Perdana Menteri. Perlembagaan dipinda pada tahun 1963 untuk memuaskan perikatan antara Kongres Rakyat Uganda (UPC) dan Parti Kabaka Yekka ketika pilihanraya tahun 1962. Ini menghasilkan jawatan Ketua Negara atas nama iaitu Presiden dan juga jawatan naib presiden. Kerajaan UPC melantik Edward Muteesa II, Kabaka (Raja) Buganda, sebagai Presiden dan Ketua Panglima angkatan bersenjata. William Wilberforce Nadiope, Kyabazing Busoga, (ketua agung), dijadikan Naib Presiden. Pada tahun 1966, Obote menggulingkan raja tersebut. Parlimen yang didominasi UPC meminda perlembagaan dan Obote menjadi presiden. Pilihanraya digantung, lalu mengundang zaman yang mana banyak berlakunya rampasan kuasa sehingga pertengahan 1980-an. Obote digulingkan dari jawatannya dua kali oleh rampasan kuasa tentera.

Idi Amin merampas kuasa pada tahun 1971 dan memerintah negara dengan kuasa tentera untuk sedekad seterusnya.[6] Pemerintahan Idi Amin meragut sebanyak 300,000 nyawa orang Uganda. Beliau mengusir golongan minoriti usahawan India dari Uganda lalu mengecutkan lagi ekonomi negara. Pemerintahan Idi Amin berakhir setelah Perang Uganda-Tanzania pada tahun 1979 yang mana angkatan Tanzania yang dibantu orang buangan Uganda menyerang Uganda. Ini juga mengembalikan Obote, yang kemudian dijatuhkan sekali lagi pada tahun 1985 oleh Jeneral Tito Okello. Okello memerintah selama enam bulan sehingga digulingkan selepas perang belukar oleh Tentera Penentangan Rakyat (NRM) yang beroperasi di bawah kepimpinan presiden masa kini, Yoweri Museveni, dan pelbagai golongan pemberontak, termasuk Gerakan Demokratik Persekutuan oleh Andrew Kayiira, dan sebuah lagi yang dipimpin John Nkwanga.

Museveni memegang kuasa sejak tahun 1986. Pada pertengahan hingga akhir 1990-an, beliau dipuji oleh dunia Barat sebagai sebahagian generasi pemimpin Afrika baru. Bagaimanapun, kepimpinan Museveni tercabar oleh penglibatan beliau dalam perang saudara di Republik Demokratik Congo (DRC) dan konflik-konflik lain di kawasan Tasik-Tasik Besar, dan juga perang saudara menentang Tentera Penentangan Lord. Pada tahun 2007, Uganda menghantar askar ke dalam misi pengamanan Kesatuan Afrika di Somalia.