Pada dekad pertama abad ke-21 pada Bumi, peningkatan jumlah penduduk menyebabkan rendahnya kualiti hidup, serta peningkatan jumlah kejadian ESP dan serangan makhluk asing. Dalam Nebula M-78, perkhidmatan maklumat Angkatan Pertahanan Angkasa memerhatikan fenomena ini, lalu menghantar misi ke Bumi, diketuai oleh Ultra Seven 21 (ウルトラセブン21, Urutoraseben Tsū Wan).

Jeneral tentera, walaupun mengetahui situasi luar biasa di daerah itu, mendapati tidak mencukupi untuk menggunakan khidmat veteran Seven 21 berpangkat dan meminta sokongan kepada Bu Yuhshi Shirei (Kumpulan Komando Perwira) daripada Unit Perang Ultra. Pertubuhan itu memilih seorang askar muda daripada pasukan elit, Ultraman Neos, dengan Seven 21 memberinya sokongan ketika diperlukan. Zoffy membuat kameo di episod 2, tapi Neos bukan sebahagian daripada dunia Ultra asli (dalam episod 1, HEART tidak mengenali Neos atau konsep Ultraman, dan kaptennya memerintahkan mereka untuk menyerang "raksasa" itu), sehingga menetapkan bahawa Neos sebenarnya adalah sebahagian daripada alam semesta alternatif.