Ditubuhkan pada bulan Mac 2006, dibawah Cawangan Marin PDRM atas keperluan semasa berikutan insiden serangan lanun yang terus berleluasa dari semasa ke semasa sungguhpun pelbagai langkah telah dilakukan bagi mengatasi masalah ini. Sepanjang tahun 2006, sebanyak 239 kes serangan lanun telah dilaporkan mengikut statistik Biro Maritim Antarabangsa, Kuala Lumpur. Hasil usaha bersepadu oleh Indonesia, Malaysia dan Singapura, kegiatan lanun ini berjaya diselesaikan. Walaupun begitu pihak berkuasa dari 3 negara baik TNI (Tentera Nasional Indonesia), POLRI (Polis Republik Indonesia), PDRM, ATM, APMM, Tentera Singapura mahupun Polis Singapura tidak akan lalai dalam melaksanakan tugasnya menjaga perairan Selat Melaka yang merupakan antara kawasan peraiaran yang paling sibuk di dunia.

Untuk penyusunan semula nama unit UST adalah untuk Unit Gempur Marin berubah atau Unit Gempur Marin pada tahun 2008. Matlamat utama mereka adalah untuk mempunyai 200 operator di kesediaan dengan Unit Gempur Marin.[3]

Operasi Barracuda 

Sepasukan Unit Gempur Marin telah terlibat dalam operasi anti-penyeludupan ke atas minuman keras, bir dan rokok yang diseludup dari Labuan. Dua warga tempatan ditangkap, sementara yang lain melarikan diri ke dalam paya bakau, apabila polis membuat serbuan pada hari Ahad, jam 21:00 di Kampung Sungai Tananak berhampiran Menumbok, kira-kira 130 km dari sini.

Berkekuatan 30 anggota, di ketuai oleh ASP Fauzi Bin Ibrahim, 1,100 botol minuman keras dan 36,700 bungkus rokok pelbagai jenama bernilai RM2 juta berjaya dirampas dalam Ops Barracuda. Mereka turut merampas sembilan buah bot dilengkapi dengan enjin 200 kuasa kuda, digunakan untuk menyeludup antara pulau bebas cukai itu dan tanah besar Sabah. Polis sedang menyiasat kegiatan sindiket itu dan cuba untuk mengenal pasti dalang dalam penyeludupan. 

Operasi Daulat 

Semasa insiden di Lahad Datu, anggota Unit Gempur Marin telah dihantar ke Lahad Datu, Sabah sebagai sebahagian daripada pasukan pasukan keselamatan Malaysia, untuk membebaskan kawasan Lahad Datu daripada pengganas bersenjata yang dikenali sebagai Angkatan Bersenjata Diraja Kesultanan Sulu dan Borneo Utara. Selain daripada tugas rasmi menyerang, mencari dan "membersihkan" kampung-kampung dari pengganas, Unit Gempur Marin juga mempunyai objektif yang sibuk sama dalam memerangi pengganas, tetapi yang bertanggungjawab untuk kawasan pantai. Di bawah kepimpinan ASP Mohd Aris Bin Jambul, yang mengetuai di kawasan sektor empat yang berkeluasan 20km dari Kampung Tanduo ke Kampung Tanjung Batu, Kampung, Kampung Sungai Bilis dan Kampung Sungai Nyamuk.