Universiti Indonesia dengan nama yang sekarang rasmi berdiri sejak tanggal 2 Februari 1950. Awalnya dikenal dengan nama Universiteit van Indonesië yang didirikan oleh kerajaan Belanda pada tahun 1946. Setelah pengakuan kemerdekaan Indonesia pada 1949, kerajaan Belanda menyerahkan universiti tersebut kepada kerajaan Indonesia pada tahun 1950 dan sejak itu dinamakan Universiteit Indonesia.

Pada tahun 1951, Universiti Indonesia hanya mempunyai 10 fakulti yang tersebar di lima bandar besar: Jakarta, Bogor, Bandung, Surabaya, dan Makassar. Kemudian cabang-cabang di luar Jakarta tersebut menjadi universiti-universiti atau institut-institut yang berdiri sendiri.

Pada 1 September 1963, Fakulti Pertanian dan Fakulti Perubatan Veterinar UI memisahkan diri menjadi Institut Pertanian Bogor (IPB) yang kini menjadi perguruan tinggi pertanian terkemuka bertaraf antarabangsa. Fakulti Kejuruteraan dan Fakulti Ilmu Pengetahuan Alam di Bandung berkembang menjadi Institut Teknologi Bandung. Di Surabaya pula menjadi Universiti Airlangga dan di Makassar menjadi Universiti Hasanuddin. Pada 1964, Fakulti Keguruan dan Ilmu Pendidikan menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Jakarta dan kini berubah kembali menjadi Universitas Negeri Jakarta.

Ketika Orde Baru dimulai pada tahun 1966, pemerintah menunjuk beberapa guru besar UI untuk menduduki jabatan menteri dengan tujuan untuk memulihkan kembali situasi ekonomi nasional. Sejak saat itu, UI secara konstan telah memberikan penyumbangan nyata pada usaha-usaha kerajaan untuk meraih kemakmuran kebangsaan.

Pada tarikh 26 Desember 2000, melalui Peraturan Pemerintah RI Nombor 152 tahun 2000, UI ditetapkan sebagai perguruan tinggi negeri mandiri bertaraf Badan Hukum Milik Negara (BHMN). Dalam status tersebut, UI wajib lebih mengedepankan kinerja pengelolaan sebuah universiti awam dengan prinsip-prinsip efisiensi, efektiviti, akuntabiliti, dan transparansi.