Universiti Malaysia Terengganu (UMT) telah bermula sebagai Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia (KUSTEM) dengan sebuah Pusat Perikanan dan Sains Samudera pada tahun 1979, yang menyediakan kemudahan latihan pelajar Program Perikanan dan Sains Samudera di samping menyediakan kemudahan penyelidikan untuk pensyarah.

Melalui Penstrukturan semula program akademik di UPM, keseluruhan Fakulti Perikanan dan Sains Samudera telah dipindahkan ke Terengganu dan diberi nama baru iaitu Fakulti Sains Gunaan dan Teknologi (FSGT) mulai Jun 1996. Turut ditubuhkan ialah Fakulti Sains dan Sastera Ikhtisas (FSSI) dan Pusat Pengajian Matrikulasi (PPM).

Mulai Jun 1996, kampus ini telah diiktiraf (secara dalaman UPM) sebagai sebuah pusat tanggungjawab dan dinamakan Universiti Putra Malaysia Cawangan Terengganu (UPMT) dan diketuai oleh seorang Rektor (designate).

Jemaah Menteri dalam mesyuaratnya pada 5 Mei 1999 telah bersetuju meluluskan cadangan penubuhan Kolej Universiti Terengganu (KUT) berasaskan Pusat Perikanan dan Sains Samudera Universiti Putra Malaysia di Mengabang Telipot, Kuala Terengganu.

Perintah Kolej Universiti Terengganu (Perbadanan) 1999 (PUA 292) telah diluluskan oleh Dewan Rakyat pada 26 Julai 1999. KUT adalah Kampus Bersekutu UPM dan pelajar akan dikurniakan ijazah dari UPM. KUT telah diberi kuasa autonomi sebagai Kolej Universiti Terengganu pada 1 Mei 2001.

Pada 1 Julai 2001 KUT dengan rasminya telah bertukar nama sebagai Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia dengan singkatan KUSTEM.

Pada 1 Februari 2007, Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia (KUSTEM) telah dinaiktarafkan kepada universiti penuh dan dijenamakan semula dengan nama Universiti Malaysia Terengganu (UMT).