Pencernaan protein kepada peptida dan asid amino, berlaku terutamanya di dalam perut, walau bagaimanapun, proses ini juga berlaku di dalam usus kecil. Antara pencernaan substrat yang berlaku dengan lebih kerap dalam perut ialah:

• Peptida dimangkinkan(diturunkan) kepada asid amino.
• Lipid (atau Lemak) dimangkinkan(diturunkan) kepada asid lemak dan gliserol.
• Karbohidrat dimangkinkan(diturunkan) kepada gula ringkas (atau gula darah) seperti glukosa.