Lapan lagi wabak virus Nipah telah berlaku semenjak 1998, kesemuanya di Bangladesh dan kawasan berjiran di India. Kawasan wabak terletak dalam kawasan spesies Pteropus giganteus. Sebagaimana virus Hendra, jangka berlaku wabak menunjukkan kesan bermusim.

• 31 Januari 2001 – 23 Februari, Siliguri, India: 66 kes dengan kadar kematian 74% [3]. 75% pesakit samaada kakitangan hospital atau melawat pesakit lain di hospital, menunjukkan jangkitan dari manusia ke manusia.

• April 2001 – Mei, daerah Meherpur, Bangladesh: 13 kes dengan sembilan kematian (69% kematian) [4].

• Januari 2003, daerah Naogaon, Bangladesh: 12 kes dengan lapan kematian (67% kematian) [4].

• Januari 2004 – Februari, wilayah Manikganj dan Rajbari, Bangladesh: 42 kes dengan 14 kematian (33% kematian).

• 19 Februari 2004 – 16 April, daerah Faridpur, Bangladesh: 36 kes dengan 27 kematian (75% kematian). Bukti epidemiologi jelas membayangkan wabak ini membabitkan jangkitan virus Nipah orang ke orang, sesuatu yang tidak disahkan sebelum ini [5]. 92% kes membabitkan hubungan rapat dengan sekurang-kurangnya seorang pesakit yang dijangkiti virus Nipah. Dua kes membabitkan dedahan singkat kepada pesakit, termasuk penarik beca yang membawa pesakit ke hospital. Tambahan lagi, sekurang-kurangnya enam kes membabitkan sindrom tekanan sistem pernafasan teruk yang belum pernah dilaporkan sebelum inibagi penyakit oleh virus Nipah pada manusia. Simptom ini kemungkinannya telah membantu penyebaran jangkitan antara manusia ke manusia melalui penyebaran titisan besar.

• 2005 Januari, Daerah Tangail, Bangladesh: 12 kes dengan 11 kematian (92% kematian). Virus kemungkinannya datang dari minuman kurma yang tercemar oleh najis atau air liur kelawar[6].