Pada asalnya, Yala, bersama dengan Narathiwat ialah sebahagian daripada kerajaan Melayu Patani yang berada di bawah pengaruh kerajaan Sukhothai dan kemudian Ayutthaya. Setelah Ayutthaya jatuh pada tahun 1767, Patani menjadi merdeka tetapi kembali kepada Thai sewaktu pemerintahan Raja Rama I. Pada 1909, Thai menakluki Patani akibat perjanjian yang dimeterai dengan Empayar British. Narathiwat dan Yala ditadbirkan secara berasingan. Di Yala, terdapat sebuah pergerakan pemisah Patani yang kembali aktif pada 2004 setelah lama berdiam diri.