Hanatarō pertama kali bertemu dengan Ichigo dan Shiba Ganju apabila mereka cuba menjadikannya sebagai tebusan untuk melarikan diri daripada shinigami yang lain dan secara tidak sengaja terbawanya dengan mereka. Hanatarō yang telah mendapat tahu niat mereka untuk menyelamatkan Rukia, telah memberi bantuan serta panduan kepada mereka menuju ke tempat Rukia ditahan, sambil menyembuhkan kecederaan mereka di dalam pertarungan. Hanatarō kemudiannya ditangkap dan dipenjarakan. Dia kemudiannya dilepaskan oleh rakannya, Rikichi dari Divisyen ke-6, supaya Renji dapat disembuhkan.

Tidak lama selepas kejadian itu, Hanatarō dihantar ke dunia manusia untuk menyiasat pencerobohan golongan Bount di Bandar Karakura. Walau bagaimanapun, dia gagal berbuat demikian dan sebaliknya, telah menyembuhkan mereka yang telah dicederakan oleh golongan Bount. Dalam konteks ini, Hanatarō seringkali muncul dalam segmen-segmen omake sebagai selingan lucu.

Dalam babak Hueco Mundo, Hanatarō telah menemani Byakuya dan berasa agak tertekan apabila kapten itu telah menggunakan langkah kilat dan mendahuluinya, sesuatu yang belum dapat dilakukan Hanatarō. Apabila dia sampai ke tempat Byakuya, dia telah diarahkan supaya menjauhkan diri kerana Byakuya tidak dapat menjamin keselamatannya.