Pada tahun 1972, kelab ini bermula sebagai Nissan Motors F.C. berpangkalan di Yokohama dan dinaikkan ke Japan Soccer League Divisyen 2 pada tahun 1976. Kelab ini mememnangi kejuaraan pada tahun 1988 dan 1989. Pada tahun 1991, ia merupakan ahli pengasas Liga J. Pada tahun 1998, selepas kehilangan salah satu daripada penaja utama mereka, ia telah diumumkan bahawa Yokohama Flügels akan bergabung dengan Marinos. Sejak itu, perkataan F telah ditambah pada nama mewakili Flügels.

Sejak Naoki Matsuda meninggalkan pasukan ini, nombor 3 F.Marinos telah ditamatkan. Naoki Matsuda telah bermain 385 perlawanan untuk F.Marinos. Yokohama F. Marinos memenangi Piala Maharaja pada tahun 2014 buat kali pertama dalam tempoh dua puluh satu tahun. Pada 20 Mei 2014, ia telah diumumkan bahawa Kumpulan Bola Sepak City, syarikat induk Manchester City F.C. telah melabur dalam saham minoriti Yokohama F. Marinos, mewujudkan kerjasama dengan kedua-dua kelab bola sepak dan pengeluar kereta Nissan.[1]