Beliau mula berkecimpung dalam politik menerusi Parti Bersatu Sabah (PBS) sejak tahun 1985.

Meninggalkan PBS, Menubuhkan SAPP

Pada 1994, Yong menjadikan 'hilang kepercayaan' sebagai alasan meninggalkan Presiden Parti Bersatu Sabah (PBS), Datuk Seri Joseph Pairin Kitingan, yang bertanggungjawab membawanya masuk dalam politik. Beliau kemudian mengetuai sekumpulan Ahli Parlimen dan ADUN berbangsa Cina daripada PBS, membentuk Parti Maju Sabah (SAPP). Pada 20 Januari 1994, Yong bersama Datuk Yee Lung Fook dan Datuk Tham Nyip Shen ke Kuala Lumpur untuk mendaftarkan SAPP sebagai parti dengan Yong bertindak selaku Presiden Penaja. Pada 21 Januari 1994, pendaftaran SAPP diluluskan Pendaftar Pertubuhan sebagai parti politik baru manakala pada 22 Januari 1994, Yong sah sebagai Presiden SAPP pertama hingga hari ini.

Hilang Kelayakan ADUN dan Ahli Parlimen

Beliau pernah hilang kelayakan sebagai Adun Likas dan Ahli Parlimen Gaya sejak September 2002 berikutan kesalahan mengikut Akta Kesalahan-Kesalahan Pilihan Raya 1954 kerana rasuah. Oleh itu, beliau tidak dibenarkan bertanding pilihan raya selama lima tahun dan terlepas Pilihan Raya Umum 2004.

Usul Tidak Percaya Kepada PM

Pada 18 Jun 2008, Datuk Yong Teck Lee mengisytiharkan partinya hilang kepercayaan terhadap kepemimpinan Datuk Seri Abdullah Ahmad Badawi. Beliau turut menyokong tindakan untuk mengusulkan undi tidak percaya kepada Perdana Menteri di Parlimen.