Beliau telah dianugerahkan Darjah Kerabat Yang Amat Dihormati (D.K.) Kelas Pertama oleh Sultan Omar Ali Saifuddien III dari Brunei pada bulan November 1960 yang membawa gelaran Dato Laila Utama, dan Seri Maharaja Mangku Negara (S.M.N) yang membawa gelaran Tun oleh Yang di-Pertuan Agong Malaysia pada November 1963.

Pada 17 Ogos 2014, Perdana Menteri Singapura, Lee Hsien Loong mengumumkan tiga penghormatan khas kepada bekas presiden pertama republik itu. Sebuah masjid baru di Woodlands akan dinamakan sempena nama beliau. Selain itu, Institut Pengajian Asia Tenggara (ISEAS) dinamakan semula sebagai ISEAS Institut Yusof Ishak. Kerusi Profesor Yusof Ishak dalam jurusan Sains Sosial di Universiti Nasional Singapura juga ditubuhkan. Langkah-langkah pengiktirafan ini diumumkan semasa Rapat Umum Hari Kebangsaan Singapura yang ke-49. Menteri Bertanggungjawab bagi Ehwal Masyarakat Islam negara itu Dr Yaacob Ibrahim ditugaskan untuk merealisasikannya.[1]