Zakaria memulakan kerjayanya sebagai tutor di Jabatan Usuluddin dan Falsafah, Fakulti Pengajian Islam UKM dari 1976-1980. Pada tahun 1980, beliau dinaikkan pangkat sebagai pensyarah sehingga 1994. Kemudian beliau dipilih menjadi Profesor Madya. Pada tahun 2000, beliau dilantik sebagai Profesor dalam bidang Tasawuf, Akhlak, Mistisme, Akidah dan Pemikiran Islam di institusi yang sama sehingga persaraan beliau pada 18 September 2015. Semasa di Fakulti Pengajian Islam, beliau pernah menjadi Ketua Jabatan (1995-1997), Timbalan Dekan (1997 - 2003) dan Dekan (2003 - 2009).

Pada November 2018, beliau dianugerahkan gelaran Profesor Emeritus oleh UKM bagi bidang Pengajian Islam – Tasawuf, Akhlak, Mistisme, Akidah dan Pemikiran Islam[3].

Setelah bersara sebagai ahli akademik sepenuh masa, Zakaria menjawat jawatan Felo Utama Pelawat di institut Islam Hadhari, Universiti Kebangsaan Malaysia dari September hingga Disember 2015. Pada tahun 2016, beliau dilantik sebagai Sarjana Tamu di institut yang sama, dan menyandang Kursi Syeikh Abdullah Fahim Institut Islam Hadhari dari 4 Ogos 2017-3 Ogos 2019.

Beliau bersara sepenuhnya dari UKM pada tahun 2019, dan masih aktif sebagai cendekiawan dan pemikir Islam serta terus terlibat memberikan khidmat kepakaran di institusi-institusi kerajaan seperti Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM), Jabatan-jabatan Mufti negeri dan badan-badan bukan kerajaan seperti Majlis Dakwah Negara (MDN)[4], Majlis Usuluddin Malaysia (MUM), Persatuan Psikospiritual Islam (IPSA) dan lain-lain.