Penempatan ini telah ditubuhkan pada 1949 di atas tanah kepunyaan perkampungan penduduk Palestin yang telah nyahpenduduk, Hiribya[1] oleh sekumpulan muda Yahudi Romania yang dimiliki oleh Hashomer Hatzair sebelum ketibaan mereka di Mandat Palestin pada tahun 1947.[perlu rujukan]

Pada masa itu, penempatan Yahudi di Negev sangat jarang, dan setiap lokasi baharu dianggap sebagai "titik cahaya" (zik) di padang gurun. Michael Har-Segor, kemudiannya menjadi seorang ahli sejarah Israel, mencipta nama itu semasa dipenjarakan di Romania kerana kegiatannya di Hashomer Hatzair. Dia berkata dia menterjemah petikan dari Pushkin ke dalam bahasa Ibrani: "Dari percikan api akan muncul nyala api." [2]

Zikim menarik perhatian ahli Hashomer Hatzair dari seluruh dunia, yang terbaru dari Amerika Selatan. Pelakon British Bob Hoskins, walaupun bukan Yahudi, bekerja sebagai sukarelawan di Zikim pada 1967. [3]

Pada 2006, roket Qassam yang dilepaskan dari utara Gaza mengenai sebuah kilang tilam di Zikim. Gerakan Jihad Islam mengaku bertanggungjawab atas serangan roket itu.[4] Pada Julai 2014, lima orang Palestin bersenjata cuba menyeberang ke Israel melalui pantai Zikim. Walau bagaimanapun, mereka terbunuh oleh tembakan tentera Israel. [5]

Semasa perang 2023, Hamas secara amfibia menyerang pangkalan tentera Bahad 4 dan Zikim dalam pertempuran Zikim.[6] Pertempuran tersebut telah membunuh 7 orang tentera Israel.[7][8][9]