Zoebaida diarahkan oleh Njoo Cheong Seng, yang sebelum ini teater; ia adalah filem kedua, berikutan Kris Mataram.[3] cerita filem itu telah diadaptasi daripada sebuah drama pentas, juga oleh Njoo bertajuk Timoeriana.[4] Menurut sejarawan filem Indonesia Misbach Yusa Biran, filem itu disasarkan kepada penonton yang lebih rendah kelas.[5] Biran juga menunjukkan bahawa Njoo telah bereksperimen dengan bebas dengan filem itu, memberikan nama pada sesuka hati dan tidak realistik, pakaian terang.[1] Filem ini mungkin telah dibuat sebagai tindak balas kepada The Teng Chun Alang-Alang (1939), yang mengambil lokasi yang jauh dan menjadikan mereka lebih eksotik.[6]

Zoebaida telah diterbitkan oleh Tjan Hock Siong daripada Oriental Film.[7] Sinematografi dikendalikan oleh JJW Steffens, seorang warga Belanda yang bekerja untuk Hindia Belanda Filem Syndicate (Algemeen Nederlandsch Indisch Filmsyndicaat, atau Anif). Penggambaran telah disiapkan dalam tempoh 27 hari di kompleks studio Anif di Batavia, yang disewa pada kadar yang 1,500 Gulden sebulan.[3] Untuk penggambaran, yang adalah dalam hitam putih, Njoo dan Tjan menggunakan tanah kosong bersebelahan dengan studio untuk membina satu set kampung.[3] Filem ini menampilkan tujuh lagu oleh kumpulan pengaruh Hawaii Oriental Novelty Five,[8] dengan penyuntingan bunyi dikendalikan oleh KN Boen.[7]

Filem ini dibintangi isteri Njoo, Fifi Young, dalam peranan tituler Zoebaida. Beliau adalah seorang bintang pentas semasa tahun 1930-an, satu fakta yang studio yang dieksploitasi untuk membantu pemasaran.[9] Filem ini merupakan kemunculan penyanyi popular keroncong Soerip.[10] Ia juga menampilkan Aisah, Moemoe Segara, Omar Rodriga, dan S. Poniman.[7]