Tesisnya yang pertama menjadi terkenal. Tesis tersebut menyatakan, "Ketika Tuhan dan Guru kita Yesus Kristus mengatakan, 'Bertaubatlah,' Beliau menghendaki keseluruhan hidup orang beriman sebagai satu bagian dari pertobatan." Dalam beberapa tesis pertamanya Luther mengembangkan gagasan bahawa pertobatan adalah lebih merupakan perjuangan Kristian di dalam batinnya melawan dosa daripada sistem pengakuan sakramental dari luar.[22] Tesis 5–7 kemudian menyatakan bahawa paus hanya dapat melepaskan orang-orang dari hukuman yang telah dia berikan sendiri atau melalui sistem penitensi gereja, bukan kebersalahan dosa. Paus hanya dapat menyatakan pengampunan Tuhan atas kebersalahan dosa di dalam nama-Nya.[23] Pada tesis 14–29, Luther menantang keyakinan umum mengenai api penyucian. Tesis 14–16 membahas gagasan bahawa hukuman dalam api penyucian dapat disamakan dengan rasa takut dan keputusasaan yang dirasakan oleh orang-orang yang sekarat.[24] Pada tesis 17–24, dia menyatakan bahawa tidak ada yang dapat secara definitif mengatakan tentang keadaan rohani orang-orang yang berada dalam api penyucian. Pada tesis 25 dan 26, dia menyangkal bahawa paus memiliki kuasa apapun atas orang-orang dalam api penyucian. Pada tesis 27–29, dia menyerang gagasan bahawa orang yang dikasihi si pembayar dibebaskan dari api penyucian seketika setelah pembayaran dilakukan. Beliau melihat hal itu sebagai pemicu ketamakan yang penuh dosa, dan mengatakan bahawa hal itu mustahil untuk dipastikan kerana hanya Tuhan yang memiliki kekuasaan tertinggi untuk melepaskan hukuman-hukuman dalam api penyucian.[25]

Cukil kayu tahun 1525 yang menggambarkan pengampunan dari Kristus yang lebih bernilai daripada indulgensi paus.

Tesis 30–34 menyinggung kepastian palsu yang Luther yakini ditawarkan oleh para pengkhotbah indulgensi kepada umat Kristian. Karena tidak ada seorang pun yang mengetahui apakah seseorang benar-benar bertaubat, selembar surat yang menjamin seseorang akan pengampunannya dinilai berbahaya. Pada tesis 35 dan 36, dia menyerang gagasan yang menyampaikan bahawa suatu indulgensi membuat pertobatan tidak diperlukan. Hal ini mengarah pada kesimpulan bahawa orang-orang yang benar-benar bertaubat, yakni satu-satunya kelompok orang yang dapat menerima manfaat dari indulgensi, telah menerima satu-satunya manfaat yang disediakan oleh indulgensi. Bagi Luther, umat Kristian yang sungguh-sungguh bertaubat telah dilepaskan dari hukuman maupun kebersalahan dosanya.[25] Dalam tesis 37, dia menyatakan bahawa umat Kristian tidak memerlukan indulgensi untuk dapat menerima seluruh manfaat yang disediakan oleh Yesus. Tesis 39 dan 40 menyatakan bahawa indulgensi menyebabkan pertobatan sejati lebih sulit dilakukan. Pertobatan sejati menginginkan hukuman Tuhan atas dosa, tetapi indulgensi mengajarkan seseorang untuk menghindari hukuman, kerana hal itu merupakan tujuan dari membeli indulgensi tersebut.[26]

Pada tesis 41–47, Luther mengkritik indulgensi dengan pertimbangan bahawa indulgensi merendahkan karya-karya belas kasihan yang dilakukan oleh mereka yang membelinya. Di sini dia mulai menggunakan frasa "Umat Kristian harus diajarkan ..." untuk menyatakan bagaimana dia merasakan bahawa orang-orang seharusnya diberikan petunjuk mengenai nilai indulgensi. Mereka seharusnya diajarkan bahawa memberi kepada kaum miskin lebih penting daripada membeli indulgensi, bahawa membeli suatu indulgensi tanpa memberi kepada kaum miskin mendatangkan murka Tuhan, dan bahawa melakukan perbuatan baik menjadikan seseorang lebih baik sementara membeli indulgensi tidak demikian. Pada tesis 48–52, Luther menempatkan dirinya di sisi paus, mengatakan bahawa jika paus mengetahui apa yang sedang dikhotbahkan atas namanya maka dia akan lebih suka Basilika Santo Petrus terbakar daripada "terbangun dengan kulit, daging, dan tulang-tulang dombanya".[26] Tesis 53–55 mengeluhkan pembatasan-pembatasan dalam berkhutbah ketika indulgensi sedang ditawarkan.[27]

Luther mengkritik doktrin harta kekayaan Gereja yang menjadi dasar bagi doktrin indulgensi pada tesis 56–66. Beliau menyatakan bahawa umat Kristian biasa tidak mengerti doktrin itu dan salah memahaminya. Bagi Luther, harta karun gereja yang sebenarnya adalah Injil Yesus Kristus. Harta tersebut cenderung untuk dibenci kerana "orang yang terdahulu akan menjadi yang terakhir",[28] berdasarkan yang tertulis dalam Matius 19:30 dan 20:16.[29] Luther menggunakan kiasan dan permainan kata untuk mendeskripsikan harta karun Injil sebagai jala untuk menjaring orang kaya, sementara harta karun indulgensi adalah jala untuk menjaring kekayaan orang.[28]

Halaman pertama cetakan tesis-tesis Luther dari Basel pada 1517 dalam bentuk sebuah pamflet.

Pada tesis 67–80, Luther membahas lebih lanjut masalah-masalah terkait cara indulgensi dikhotbahkan, sebagaimana yang pernah dia singgung dalam surat kepada Uskup Agung Albertus. Para pengkhotbah mempromosikan indulgensi sebagai rahmat terbesar yang disediakan Gereja, tetapi mereka sebenarnya hanya mempromosikan keserakahan. Beliau mengemukakan bahawa para uskup telah diinstruksikan untuk memberikan penghormatan kepada para pengkhotbah indulgensi yang memasuki yurisdiksi mereka, tetapi para uskup juga bertugas melindungi jemaat mereka dari para pengkhotbah yang mengkhotbahkan hal-hal yang bertentangan dengan maksud paus.[28] Beliau kemudian menyerang keyakinan yang diduga disebarkan oleh para pengkhotbah bahawa indulgensi dapat mengampuni seseorang yang telah menghina Bunda Maria. Luther menyatakan bahawa indulgensi tidak dapat menghapuskan kebersalahan dosa, sekalipun yang paling ringan di antara dosa-dosa ringan. Beliau mengecam beberapa pernyataan lain yang diduga disampaikan oleh para pengkhotbah indulgensi sebagai penghujatan: bahawa Santo Petrus tidak mungkin menganugerahkan suatu indulgensi yang lebih bernilai daripada paus yang sekarang, dan bahawa salib indulgensi dengan lambang kepausan adalah sama berharganya seperti salib Kristus.[30]

Luther mencantumkan beberapa kritik yang dikemukakan oleh kaum awam terhadap indulgensi pada tesis 81–91. Beliau menyajikannya sebagai keberatan-keberatan sukar yang diajukan jemaatnya, bukan kritiknya semata. Bagaimana dia harus menjawab mereka yang bertanya mengapa paus tidak mengosongkan saja api penyucian jika itu berada dalam kuasanya? Apa yang harus dia katakan kepada mereka yang bertanya mengapa misa-misa peringatan bagi orang yang telah meninggal, yang ditujukan bagi orang-orang dalam api penyucian, tetap dilakukan bagi mereka yang telah ditebus melalui suatu indulgensi? Luther mengklaim kalau tampak aneh bagi beberapa orang bahawa orang-orang saleh yang berada dalam api penyucian dapat ditebus oleh orang yang tidak saleh yang masih hidup di dunia ini. Luther juga menyebut pertanyaan mengapa paus, yang dianggap sangat kaya, membutuhkan uang dari umat miskin untuk membangun Basilika Santo Petrus. Luther mengklaim bahawa menghiraukan pertanyaan-pertanyaan tersebut dapat membuat orang-orang menertawakan paus.[30] Beliau merujuk pada kepentingan finansial paus, mengatakan bahawa jika para pengkhotbah membatasi khotbah mereka berdasarkan posisi-posisi Luther terkait indulgensi (yang didakwa juga merupakan posisi paus), keberatan-keberatan tersebut tidak akan relevan lagi.[31] Luther mengakhiri tesis-tesis ini dengan menasihati umat Kristian untuk meneladani Kristus sekalipun hal itu mendatangkan rasa sakit dan penderitaan. Menanggung hukuman dan memasuki syurga lebih baik daripada rasa aman yang palsu.[32]