Albertus tampaknya telah menerima surat Luther yang dilampiri 95 Tesis sekitar akhir November. Beliau meminta pendapat para teolog di Universiti Mainz dan berdiskusi dengan para penasihatnya. Para penasihatnya merekomendasikan agar dia melarang Luther berkhutbah menentang indulgensi sesuai dengan bulla indulgensi. Albertus mengajukan permohonan agar tindakan tersebut dilakukan Kuria Roma.[48] Di Roma, Luther segera dipandang sebagai suatu ancaman.[49] Pada Februari 1518, Paus Leo meminta pimpinan Eremit Agustinian, ordo keagamaan Luther, untuk meyakinkannya agar berhenti menyebarkan gagasan-gagasannya tentang indulgensi.[48] Sylvester Mazzolini juga ditunjuk untuk menuliskan suatu opini yang akan digunakan dalam pengadilan melawannya.[50] Mazzolini menulis Sebuah Dialog melawan Tesis-Tesis Lancang Martin Luther mengenai Kuasa Sri Paus, yang lebih berfokus pada pertanyaan Luther seputar wewenang paus daripada keluhan-keluhannya mengenai khotbah indulgensi.[51] Luther menerima surat panggilan ke Roma pada Agustus 1518.[50] Beliau menanggapinya dengan Penjelasan dari Perdebatan Mengenai Nilai Indulgensi, yang di dalamnya dia berupaya untuk membersihkan dirinya dari tuduhan bahawa dia menyerang Sri Paus.[51] Ketika dia menuliskan pandangan-pandangannya secara lebih ekstensif, Luther tampaknya mengakui bahawa implikasi dari keyakinan-keyakinannya menjauhkan dia dari ajaran resmi dibandingkan dengan yang awalnya dia ketahui. Beliau kemudian berkata bahawa dia mungkin tidak memulai kontroversi tersebut seandainya dia tahu akan berakibat demikian.[52] Penjelasan tersebut sampai sekarang disebut sebagai karya Reformasi Luther yang pertama.[53]

[53] Johann Tetzel menanggapi 95 Tesis dengan menyerukan agar Luther dibakar kerana bidah, dan teolog Konrad Wimpina menuliskan 106 tesis untuk melawan karya Luther. Tetzel mempertahankan tesis tersebut dalam suatu perdebatan di Universiti Frankfurt di Oder pada Januari 1518.[55] 800 salinan perdebatan yang dicetak dikirim untuk dijual di Wittenberg, tetapi para mahasiswa universitas tersebut menyitanya dari penjual buku dan membakarnya. Luther menjadi semakin khawatir kalau-kalau situasi menjadi tidak terkendali dan dia akan berada dalam bahaya. Untuk menenangkan para penentangnya, dia menerbitkan sebuah Khotbah tentang Indulgensi dan Rahmat, tanpa menantang wewenang paus.[56] Pamflet yang ditulis dalam bahasa Jerman tersebut sangat pendek dan mudah dipahami oleh kaum awam.[46] Karya sukses pertama Luther tersebut dicetak ulang sebanyak dua puluh kali.[57] Tetzel menanggapinya dengan suatu sanggahan poin per poin, banyak mengutip pernyataan dari Alkitab dan para teolog penting.[58][lower-alpha 5] Pamfletnya tidak sepopuler buatan Luther. Di sisi lain, jawaban Luther atas pamflet Tetzel merupakan kesuksesan publikasi lainnya bagi Luther.[60][lower-alpha 6]

Tokoh ternama lainnya yang menentang 95 Tesis adalah Johann Eck, teman Luther dan seorang teolog di Universiti Ingolstadt. Eck menuliskan sebuah sanggahan, diperuntukkan bagi Uskup Eichstätt, dengan judul Obelisk. Judul itu mengacu pada tanda obelus yang digunakan untuk menandai bagian-bagian yang dipandang sesat dalam teks-teks pada Abad Pertengahan. Karya tersebut merupakan suatu serangan pribadi yang tajam dan tak terduga, menuduh Luther sesat dan bodoh. Luther menanggapinya secara pribadi dengan Asterisk, judul yang mengacu pada tanda bintang yang saat itu digunakan untuk menandai teks-teks penting. Tanggapan Luther berisi kemarahan dan dia mengungkapkan pendapatnya bahawa Eck tidak memahami materi yang dia tuliskan.[62] Perseteruan antara Luther dan Eck kelak diketahui publik dalam Debat Leipzig tahun 1519.[58]

Luther dipanggil oleh wewenang kepausan untuk mempertahankan dirinya terhadap tuduhan bidah di hadapan Thomas Cajetan (Gaetanus/Kayetanus) di Augsburg pada Oktober 1518. Cajetan tidak memperbolehkan Luther untuk berdebat dengannya dalam hal bidah yang dituduhkan kepadanya, kendati dia sendiri tidak bermaksud menuduhkan bidah kepada Luther,[63] dan dia mengidentifikasikan dua poin kontroversi. Poin pertama menentang tesis ke-58, yang menyatakan bahawa indulgensi tidak termasuk dalam jasa-jasa Kristus dan tidak dapat digunakan oleh paus untuk melepaskan hukuman sementara atau temporal akibat dosa.[63][64] Hal ini bertentangan dengan bulla kepausan Unigenitus yang dikeluarkan oleh Paus Klemens VI pada 1343.[65] Poin kedua adalah apakah seseorang dapat yakin bahawa dia telah diampuni ketika menerima absolusi dari imam atas dosa-dosanya. Penjelasan Luther tentang tesis ke-7 menyatakan bahawa seseorang dapat berpegang pada kepastian iman bahawa dosa-dosanya benar-benar diampuni dalam pengakuan sakramental,[63] sedangkan Cajetan berpendapat bahawa penganut Kristian yang rendah hati seharusnya tidak pernah merasa yakin akan kedudukannya di hadapan Tuhan.[64] Luther menolak untuk menarik kembali pernyataan-pernyataannya itu dan meminta agar kasus tersebut ditinjau oleh para teolog universitas. Permintaannya ditolak, sehingga Luther mengajukan banding ke paus sebelum pergi meninggalkan Augsburg.[66] Luther akhirnya dikucilkan pada 1521 setelah didapati membakar bulla kepausan Exsurge Domine yang mengancam dia untuk menarik kembali pernyataan-pernyataannya atau menghadapi sanksi ekskomunikasi.[67]