Lincoln dipilih sebagai calon untuk pilihan raya pada tahun 1860 kerana alasan yang berbeza. Lincoln memenangi pilihan raya pada tahun 1860, dan menjadi Presiden Amerika Syarikat ke-16. Buat pertama kali, seorang presiden telah memenangi pilihan raya kerana sokongan besar yang diperolehnya dari negeri-negeri di Utara. Semasa kepimpinannya, Lincoln menjadi terkenal kerana topi stovepipe-nya yang besar. Beliau menggunakan topi tinggi untuk menyimpan kertas dan dokumen.[11]

Semasa Perang Saudara

Lincoln menentang kuat sistem perhambaan dan usaha-usaha untuk mengembangkan perhambaan ke wilayah-wilayah persekutuan. Perdebatan-perdebatannya dengan Stephen Douglas, ketua Parti Demokrat, pada tahun 1858 memberikannya pendedahan sebagai ahli politik negara, dan sebagai seorang barat yang sederhana dalam politik, beliau memenangi pencalonan presiden pada tahun 1860. Kemenangannya dalam pilihan raya presiden menyebabkan wilayah-wilayah paling selatan hilang sabar lalu tujuh buah negeri berpisah untuk membentuk Negeri-Negeri Gabungan Amerika dan menawan kubu-kubu serta harta-harta yang lain dalam sempadannya. Kejadian inilah yang meyebabkan tercetusnya Perang Saudara Amerika.

Dalam usaha-usahanya sebagai pemimpin masa perang Lincoln sering menggunakan pujukan seperti dalam kenyataan-kenyataan umumnya, khususnya Ucapan Gettysburg, mentakrifkan persoalan-persoalan perang, dan membantu untuk mentakrifkan semula imej diri Amerika Syarikat. Beliau terbukti pintar menggantikan jeneral-jeneral yang sederhana dengan jeneral-jeneral yang lebih berupaya sehingga akhirnya, beliau menemui Ulysses S. Grant. Dalam kepimpinan Parti Republikan, Lincoln dapat mengelakkan perpecahan antara semua puak, dan menambahkan sokongan baru daripada ahli-ahli Demokrat yang menyokong peperangan, walaupun Copperhead, musuh-musuhnya yang merupakan puak Demokrat di Utara, kuat membidasnya sebagai diktator yang tiada belas kasihan. Lincoln terpaksa mendamaikan pemimpin-pemimpin Republikan yang radikal dan sederhana yang sering kali amat tidak bersependapat terhadap permasalahan yang diungkitkan dalam isu perhambaan. Lincoln sendiri menyelia usaha perang bersama-sama dengan Jeneral Grant (1864-65) yang berjaya mengalahkan Robert E. Lee pada April 1865.

Sifat-sifat kepimpinan Lincoln ternyata dalam cara menangani diplomasi terhadap negeri-negeri perhambaan di sempadan pada permulaan pertempuran, menewaskan cubaan Kongres untuk menyusun semula Kabinet pada tahun 1862, ucapan-ucapan dan tulisan-tulisan yang membantu negeri-negeri utara bersiap sedia dan meredakan isu keamanan dalam kempen pilihan raya presiden pada tahun 1864.

Copperhead mengkritik Lincoln kerana tindakannya dianggap mencabuli perlembagaan negara, melampaui bidang kuasa eksekutif, enggan bertolak ansur terhadap pengabdian, mengisytiharkan pemerintahan tentera, menggantung habeas corpus, mengarahkan penangkapan 18,000 orang penentang (termasuk pegawai-pegawai awam dan penerbit-penerbit akhbar), dan membunuh beratus-ratus ribu pemuda yang menyertai perang sebagai askar. Republikan Radikal mengkritiknya kerana terlalu lambat menghapuskan perhambaan, dan tidak cukup keras dalam menghadapi pihak selatan.

Lincoln memberi suatu ucapan terkenal selepas suatu pertempuran yang dahsyat mengorbankan banyak askar terkorban dari kedua-dua pihak ini pada 1863, di mana ucapan belsungkawa ini mengecam kegentingan dan keganasan hebat yang menimpa negara Amerika Syarikat kerana perpincangan fahaman sesama warga serta menegaskan perubahan yang bakal membangunkan semula Amerika Syarikat kepada suatu negara yang kembali utuh. Ia merupakan salah satu ucapan terkenal dan aling berpengaruh dalam jalan politik negara ini.[12]

Penggal kedua dan pembunuhan

Lincoln dipilih semula pada 1864 dan dilantik semula pada 4 Mac 1865. Tidak lama selepas itu, kemungkinan besar Kesatuan akan memenangi Perang Saudara. Lincoln mencadangkan syarat-syarat untuk memulihkan kerajaan sendiri di negeri-negeri yang telah memberontak. Pada 9 April 1865, jeneral Gabungan terkemuka, Robert E. Lee, menyerahkan tenteranya. Pada 11 April 1865, Lincoln memberi ucapan di mana beliau mempromosikan hak mengundi untuk orang kulit hitam.[13]

Pada 14 April 1865, Lincoln bertolak ke teater untuk menyaksikan persembahan "Our American Cousin". Ketika pengawalnya tiada, Lincoln duduk di tempat biasanya di balkoni tanpa menyedari Booth berada di belakangnya dan hanya menunggu adegan kelakar untuk membunuh presiden dengan harapan gelak ketawa di teater akan menenggelamkan bunyi tembakan. Saat ditunggu tiba, lalu Booth menembak Lincoln di kepala. Mejar Henry Rathbone cuba menangkap Booth tetapi tidak berjaya. Booth melompat dari atas pentas, kemudian menjerit Sic semper tyrannis! (bahasa latin: "Maka selalu (berlaku) ke atas pemimpin kejam) dan berjaya melarikan diri[14]. Gerakan memburu Booth berlangsung selama 12 hari di bawah arahan Setiausaha Perang Edwin M. Stanton. Booth berjaya ditangkap di sebuah rumah reban di Virginia di mana dia ditembak mati.

Lincoln koma selama sembilan jam sebelum meninggal dunia akibat luka dialam. Beliau disahkan meninggal dunia pada pukul 7.22 pagi, 15 April 1865 ketika umurnya 56 tahun.[15] Ada juga beberapa sumber yang mencatat keadaan pada waktu pagi selepas pembunuhan itu di mana beliau sempat menyedarkan diri untuk tersenyum lebar sebelum menghembuskan nafas terakhirnya.[16]