Pencarian arkeologi telah membuktikan kehadiran manusia di kawasan itu sejak Zaman Gangsa; penghuni pertama adalah orang Lusitan, diikuti oleh orang Celt, yang datang dari timur Pyrenees. Hingga zaman ini, dan penguasaan Rom selepasnya, terdapat tinggalan-tinggalan beberapa castra (perkhemahan tentera), vila dan jambatan yang memberi nama kepada kota itu. Pemerintahan Rom berlanjutan daripada kurun ke-2 SM hingga 5M, apabila mereka disingkirkan oleh bangsa Visigoth.

Pada kurun ke-8M, orang Arab menakluki Semenanjung Iberia, termasuklah Extremadura. Pada kurun ke-12, ahli geografi Muslim yang bernama al-Idrisi menggambarkan jambatan itu sebagai salah satu keajaiban dunia. Pada kurun-kurun ke-12 dan 13, Alcántara menjadi kota perbatasan, yang diperuntukkan kepada kegiatan ketenteraan dan penternakan haiwan. Selepas keruntuhan Kekhalifahan Cordoba, ia menjadi rebutan beberapa taifa (kerajaan kecil).

Ferdinand II dari León menawannya pada 1167, semasa peperangannya terhadap Portugal, tetapi kemudiannya ditawan kembali oleh Al-Muwahhidun. Orang Kristian menaklukinya pada 1213 di bawah pimpinan Alfonso IX dari León. Pada 1217, ia diserahkan kepada sebuah order ketenteraan, Order Calatrava. Bagaimana pun mereka menganggapnya begitu sukar untuk dipertahankan, dan dengan itu pada tahun berikutnya mereka digantikan dengan Order San Julian de Pereiro, sebuah order ketenteraan yang ditubuhkan pada 1156 dan beribupejabat di Rio Cora. Kota itu mengekalkan kepentingan strategiknya sehingga 1655, apabila Portugal pada akhirnya terpisah daripada Sepanyol. Pada 1807, semasa Perang Semenanjung, ia ditawan tentera Perancis.

Alcántara kehilangan semua kepentingannya pada kurun ke-19, apabila harta benda order itu disekularkan. Susutan penduduknya hanya terhenti pada 1960-an, apabila syarikat elektrik Hidroelectrica Espaňola membina beberapa loji di situ. Bagaimana pun, ekonominya tidak menggalakkan, dan kota itu masih lagi menjadi sebahagian daripada kawasan-kawasan yang kurang maju di Sepanyol.

Order Alcántara, sebuah order tentera keagamaan, ditubuhkan di kota ini pada 1176 bagi tujuan pertahanan daripada serangan orang Moor, dan ditumpaskan pada 1835.

Peter dari Alcantara, guru kepada Theresa of Avila, seorang santa dan pembaharu Franciscan, dilahirkan di kota ini pada tahun 1499.