Sejarawan menyatakan asalnya menjadi tempat persinggahan kafilah-kafilah yang melalui Laluan Sutera yang melalui banjaran Tien Shan. Mulanya dikenali sebagai Sogdians. Pada 1825 lokasi ini menjadi kubu oleh seorang khan Uzbek dari Kokhand dan mendirikan kubu dari lumpur.

Pada 1862, Bishkek dikuasai oleh pemerintahan Tzar di Rusia dan kemudiannya menjadi kubu pertahanan utama Rusia dan dinamakan 'Pishpek' sejak 1877. Kerajaan Rusia telah memberi tanah-tanah subur berwarna hitam kepada orang Rusia. Pada 1926, bandar raya ini menjadi ibu negara baru bagi Kyrgyzstan oleh USSR. Kemudian dinamakan sebagai Frunze sempena nama sahabat baik Lenin, Mikhail Frunze yang dilahirkan di Bishkek. Beliau memainkan perana penting dalam Perang saudara Rusia pada awal 1920-an.

Berikutan pepecahan Rusia pada 1991, Kyrgyzstan turut menuntut kemerdekaan dan bandar raya ini dinamakan semula sebagai Bishkek. Kini bandar ini telah dibangunkan dengan bangunan, restoran, kafe-kafe dan jalan rayanya dipenuhi dengan kereta buatan Jepun.Ia menjadi pusat kewangan negara kerana terdapat 21 buah bank di sini. Di sini juga terdapat sekolah latihan penerbangan. Salah seorang pelatihnya ialah Hosni Mubarak yang kemudian menjadi Presiden Mesir.

Pada 2002, Amerika Syarikat mendapat hak menggunakan Lapangan Terbang Antarabangsa Manas sebagai pangkalan untuk menyerang Afghanistan dan Iraq. Lapangan terbang ini sempena nama Manas yang menjadi wira Kyrgyzstan yang terkenal.