Boston diasaskan pada 17 November 1630 oleh peneroka Puritan dari England. Peneroka Eropah awal Boston memanggil kawasan tersebut sebagai "Trimountaine" (Tiga Gunung). Nama Boston diambil daripada sebuat bandar yang juga bernama Boston di Lincolnshire, England, kerana ramai peneroka Pilgrim datang dari kawasan tersebut. Kebanyakan warga awal Boston terdiri daripada golongan Puritan. Peneroka Puritan ini juga mewujudkan sekolah awam dan universiti pertama Amerika iaitu Universiti Harvard pada tahun 1636. Sehingga tahun 1760-an, Boston merupakan bandar terbesar di Amerika.

Pada awal tahun 1770-an, pihak British cuba mengawal tiga belas koloni dengan cukai. Peristiwa ini menyebabkan penduduk Boston memulakan Revolusi Amerika. Antara peristiwa penting yang berlaku di Boston ialah Pembunuhan Beramai-ramai Boston, Jamuan Teh Boston dan beberapa perang awal yang berlaku di dalam atau berdekatan dengan bandar ini.