Sistem pengangkutan Kemboja teruk terjejas oleh perang saudara dan pengabaian. Dengan bantuan negara-negara lain Kemboja telah menaik taraf lebuh-lebub raya utama kepada piawaian antarabangsa, malah kebanyakannya banyak meningkat dari tahun 2006. Kebanyakan jalan utama kini berturap.

Kemboja mempunyai dua batang landasan keretapi tunggal berlebar satu meter yang berjumlah 612 kilometer one meter gauge track.[18] Landasannya menghubungkan Phnom Penh dengan Sihanoukville di pantai selatan, dan Phnom Penh dengan Sisophon (biarpun keretapi hanya berjalan setakat Battambang). Pada 1987, hanya satu keretapi penumpang seminggu yang berkendali antara Phnom Penh dengan Battambang. Namun sistem landasan keretapi negara sedang dimajukan oleh projek $141 juta tajaan Bank Pembangunan Asia untuk "menghubungkan Kemboja dengan pusat-pusat perindustrian dan logistik di Bangkok dan Ho Chi Minh".[18]

Di samping rangkaian lebuh raya antara wilayah yang menghubungkan Phnom Penh dengan Sihanoukville, kerja menurapi jalan tanah dengan konkrit/asfalt serta pembinan lima jambatan seberang sungai utama telah memantapkan hubungan Phnom Penh dengan Koh Kong, maka adanya capaian jalan raya tanpa henti ke negara jiran Thailand dan rangkaian jalan rayanya yang maju.

Jalan-jalan air Kemboja yang menyeluruh adalah penting dalam perdagangan antarabangsa dahulu kala. Sungai Mekong dan Tonle Sap serta banyak cawangnya menyediakan jalan yang cukup panjang, termasuk 3,700 kilometer yang boleh dilayari sepanjang tahun oleh kapal perahu selebar 0.6 meter dan 282 kilometer lagi yang boleh dimasuki oleh kenderaan selebar 1.8 meter.[19]

Cambodia mempunyai dua pelabuhan utama iaitu Phnom Penh dan Sihanoukville di samping lima pelabuhan kecil. Phnom Penh yang terletak di persimpangan sungai Bassac, Mekong, dan Tonle Sap adalah satu-satunya pelabuhan sungai yang mampu menerima kapal seberat 8,000 tan pada musim tengkujuh dan kapal seberat 5,000 tan pada musim kemarau.

Kepesatan pembangunan ekonomi meningkatkan penggunaan kereta dan motosikal, namun basikal masih menguasai.[20] "Cyclo" (cedokan Perancis) atau beca juga ditawarkan untuk pelancong. Beca-beca sedemikian unik bagi Kemboja yang mana penunggangnya terletak di belakang tempat duduk penumpang,[21] sedangkan di negara jiran penunggang duduk di depan penumpang.

Kemboja ada tiga lapangan terbang komersial. Lapangan Terbang Antarabangsa Phnom Penh (Pochentong) di Phnom Penh adalah yang kedua terbesar di negara. Yang paling besar sekali malah mengendalikan penerbangan antarabangsa terbanyak pula ialah Lapangan Terbang Antarabangsa Siem Reap-Angkor Lapangan terbang yang satu lagi terletak di Sihanoukville.