Disney mengahwini Flora Call pada 1 Januari 1888, di Kismet, Florida, 50 batu daripada tanah yang bakal terbinanya Walt Disney World, dan tinggal di Acron, Florida untuk masa yang singkat.[3] Call ialah anak kepada jiran bapa Elias.

Sebaik selepas berkahwin, pasangan Disney berpindah ke Chicago, Illinois, di mana Elias berkawan dengan Walter Parr, pendakwah Gereja Jemaah St. Paul yang meminjamkan namanya kepada anak keempat pasangan Disney, iaitu Walt.

Pasangan Disney melahirkan lima orang anak:

• Herbert Arthur Disney, 10 Oktober 1888-29 Januari 1961. (72)
• Raymond Arnold Disney, 30 Disember 1890-24 Mei 1989. (98)
• Roy Oliver Disney, 24 Jun 1893-20 Disember 1971. (78)
• Walter "Walt" Elias Disney, 5 Disember 1901-15 Disember 1966. (65)
• Ruth Flora Disney, 6 Disember 1903-7 April 1995. (91)

Pada tahun 1906, Elias Disney sekeluarga berpindah ke sebuah ladang dekat Marceline, Missouri. Keluarga itu menjual ladang tersebut pada tahun 1909 dan tinggal dalam sebuah rumah sewa hingga tahun 1911, apabila mereka berpindah ke Kansas City, Missouri.