Pada akhir 1998, Fakulti Pertanian mempunyai 3 jabatan akademik, iaitu Jabatan Agronomi dan Hortikultur, Jabatan Perlindungan Tumbuhan dan Jabatan Sains Tanah.

Bermula pada Januari 1999, berlakunya proses penstrukturan semula di Universiti Putra Malaysia yang melibatkan juga Fakulti Pertanian. Penstrukturan ini adalah berkonsepkan penyatuan atau integrasi elemen utama dalam sistem pertanian iaitu tanaman, haiwan, tanah, teknologi dan pengurusan. Berasaskan kepada konsep ini, Fakulti Pertanian kini mempunyai 7 jabatan, iaitu Sains Tanaman, Sains Haiwan, Perlindungan Tumbuhan, Pengurusan Tanah, Perniagaantani dan Sistem Maklumat, Teknologi Pertanian dan Akuakultur.

Sebagai fakulti pertanian sulung di Malaysia, maka Fakulti Pertanian mempunyai peranan utama untuk menangani secara langsung masalah pertanian semasa negara serta prospek pembangunan industri pertanian dalam jangka masa panjang terutama kepada program latihan sumber manusia dengan tenaga terlatih yang terdiri daripada graduan yang berpandangan jauh ke hadapan dan berupaya bersaing dalam arena industri.

Berlandaskan sistem pendidikan negara, Fakulti Pertanian berusaha mengeluarkan pakar pertanian terlatih, berciri keusahawan dan berupaya mengendalikan perundingan di mana saja, di samping menghasilkan teknologi pertanian baharu dan tinggi, hasil dari program penyelidikan dan pengkomersilan.