Jepun terdiri daripada gugusan pulau-pulau yang terletak di persisiran Lautan Pasifik di timur benua Asia. Pulau-pulau utama Jepun, dari utara ke selatan, adalah Hokkaido, Honshu (pulau paling utama), Shikoku, dan kepulauan Ryukyu yang terletak 600 km selatan barat dari Kyushu. Naha dan Okinawa merupakan salah satu daripada pulau-pulau yang terkanal di kepulau Ryukyu. Di samping itu, kepulauan Jepun mempunyai 3,000 pulau-pulau kecil.73% daripada negara Jepun terdiri daripada gunung-ganang yang merentasi setiap pulau-pulau utama. Gunung yang paling tinggi adalah Gunung Fuji dengan ketinggian 3,776 m. Disebabkan oleh peratusan tanah rata yang rendah, kebanyakan lereng-lereng bukit dgunakan sepenuhnya untuk perusahaan pertanian. Dan bandar-bandar utama dibangunkan di setiap tanah rata yang terdapat di negara Jepun.Jepun terletak di dalam zon gunung berapi iaitu di atas Lilitan Gunung Berapi Pasifik (Pacific Ring of Fire). Ini menyebabkan Jepun kerap mengalami gegaran bumi berkekuatan rendah dan kadang-kala merasai letusan gunung berapi. Gempa bumi yang membinasakan juga dirasai beberapa kali dalam satu abad. Gempa bumi ini sering menyebabkan terbentuknya tsunami. Gempa bumi yang terbaru adalah Gempa Bumi Agung Hanshin yang terjadi pada tahun 1995. Disebabkan oleh kedudukan geografinya, terdapat banyak mata air panas di Jepun dan kebanyakkannya dijadikan tempat peranginan.