Gigantopithecus mungkin pupus kira-kira 100,000 tahun yang lalu kerana perubahan iklim pada era Pleistosen mengubah taburan tumbuhan dari hutan ke savana, menyebabkan sumber makanannya merosot. Gigantopithecus tidak memakan rumput, akar dan daun yang merupakan sumber makanan yang dominan di savana.[23][24][25]

Terdapat juga spekulasi bahawa persaingan dengan H. erectus mungkin telah menyumbang kepada kepupusan Gigantopithecus, berdasarkan penemuan kedua-dua fosil H. erectus dan Gigantopithecus di China Selatan yang menunjukkan bahawa kedua-dua spesies itu mungkin wujud bersama pada satu masa. Kewujudan bersama ini mungkin membawa kepada persaingan untuk merebut makanan seperti buluh yang semakin jarang didapati ekoran perubahan iklim pada kala Pleistosen.[26][27]