Peristiwa-peristiwa berikutan pembunuhan beramai-ramai pada 1 Jun 2001 nyata amat banyak kontroversinya di Nepal. Sesetengah pihak masih percaya bahawa Raja Gyanendra merupakan dalang di sebalik pembunuhan itu kerana kesemua ahli kerabat diraja dibunuh ketika insiden itu kecuali ahli-ahli keluarga terdekat Gyanendra.[6] Kepercayaan ini masih dipegang, terutamanya disebabkan kenyataan bahawa Gyanendra mewarisi takhta dari kerabat diraja yang terbunuh. Sepasukan penyiasatan dua orang yang terdiri daripada Keshav Prasad Upadhaya yang ketika itu Ketua Hakim Mahkamah Agung, dan Taranath Ranabhat yang ketika speaker dewan perwakilan, menjalankan penyiasatan terhadap pembunuhan berkenaan selama seminggu.[7] Penyiasatan ini berakhir setelah menyoal siasat lebih 100 orang termasuk saksi dan pegawai istana, pengawal dan kakitangan, memutuskan bahawa Dipendralah yang melakukan pembunuhan tersebut, namun peranan Gyanendra tidak ditolak kemungkinannya.[8] Apabila Dipendra berada dalam keadaan koma Gyanendra menjadi pemangku, tetapi setelah Dipendra mangkat pada 4 Jun 2001, maka Gyanendra maniki takhta.[9]