Uthmaniyyah mengamalkan toleransi beragama, dan Kristian tidak dilarang. Islam tidak disebarkan melalui paksaan di kawasan-kawasan di bawah kawalan sultan Uthmaniyyah,[6] Bagaimanapun, Arnold menyimpulkan sebuah petikan daripada seorang pengarang pada kurun ke-17 yang mengatakan:

Meanwhile he [the Turk] wins [converts] by craft more than by force, and snatches away Christ by fraud out of the hearts of men. For the Turk, it is true, at the present time compels no country by violence to apostatise; but he uses other means whereby imperceptibly he roots out Christianity...[7]

Tolenrasi dalam beragama yang diamalkan oleh Utmaniyyah membolehkan Protestantisme di Hungary (seperti Gereja Reformasi di Hungary) untuk terus subur meskipun ditekan di kawasan Hungary yang diperintah oleh puak Katolik-Habsburg.

Terdapat kira-kira 80,000 peneroka Muslim yang tinggal di wilayah yang dikawal oleh Uthmaniyyah kini di Hungary; majoriti mereka adalah para pentadbir, tentera, artis dan pedagang yang berketurunan Bosnia Slavic, dan jumlahnya meningkat dengan perlahan-lahan sepanjang kurun ke-16.[8] Kehidupan beragama penduduk Muslim diselia oleh masjid yang baru dibina atau yang ditukarkan daripada bangunan gereja Kristian lama. Bayaran untuk pekerja di masjid selain kos penyelenggaraan gereja menjadi tanggungjawab negara Uthmaniyyah atau derma.

Selain Sunni Islam, sejumlah besar komuniti dervish juga berkembang termasuk bektashi, Alevi, dan mevlevi. Tempat beribadat yang terkenal Gül Baba yang terletak di Budin (Buda), menaungi 60 orang dervis, yang tergolong dalam kelompok bektasi. Ia terletak berdekatan dengan kem janissari, yang mana dibina oleh Jahjapasazáde Mehmed Pasha, begler bey (gabenor) ketiga di Budin (Buda). Türbe (makam) di Budapest yang mengandungi jenazah dervish dan penyajak Gül Baba kini menjadi tapak paling utara penghijrah Islam.[9]

Tempat beribadat terkenal yang lain bagi dervish halveti telah dibina sekitar tahun 1576 bersebelahan türbe Sultan Süleyman I al-Qanuni (1520–1566) di Sigetvar (Szigetvár). Ia kemudian menjadi pusat keagamaan dan kebudayaan di kawasan ini. Tapak terkenal berhadapan dengan zavije (tempat beribadat) adalah Šejh Ali Dede seorang Bosnia. Tempat beribadat Jakovali Hasan Paša di Peçuy (Pécs) juga merupakan satu lagi lokasi terkenal. Ia mercu bagi seorang dervish berketurunan Mevlevia Peçevi Arifi Ahmed Dede, seorang Turki dan berasal daripada Peçuy (Pécs).

Menjelang akhir kurun ke-16, sekitar 90% daripada jumlah penduduk di Hungary Uthmaniyyah adalah penganut Protestant, kebanyakan mereka menjadi Calvinis.[10]