Buku Iqro beserta gaya pengajarannya berasal dari As'ad Humam, seorang ulama dan pedagang dari Yogyakarta dan dikembangkan oleh pasukan bernama "Team Tadarus AMM" yang juga berasal dari Yogyakarta.[8][9] Buku Iqro pertama diterbitkan pada awal 1990-an,[10] tetapi menurut Team Tadarus AMM, sejarahnya berawal sebelum itu. Pada 1953, sebuah kumpulan belajar Al-Qur'an didirikan di Yogyakarta dengan menggunakan teknik tradisional Baghdadi.[9] Pada 1973, As'ad Humam memulakan perbincangan di rumahnya tentang cabaran-cabaran yang dihadapi kumpulan ini dalam mengajarkan cara membaca Al-Qur'an.[1] Dengan itu, Team Tadarus AMM ditubuhkan yang kemudian menyusun laporan tentang keadaan mengajar. Di antara isi laporan tersebut ialah bahawa teknik pengajaran yang terdapat semasa itu tidak memadai.[1]

Pasukan ini kemudian mencuba teknik pengajaran baru, dan hasilnya ialah sebuah sistem yang kemudian merebak ke bandar-bandar lain di Pulau Jawa. Pada 1988, pasukan ini menerima anugerah dari Kolej Agama Daerah Istimewa Yogyakarta.[1] Pada 1992, buku Iqro telah dijual di seluruh Indonesia. Menyebarnya buku ini berlaku seiring munculnya sistem sekolah agama baru yang disebut Taman Pendidikan Al-Qur'an (TPA).[11] TPA awalnya diadakan di masjid-masjid tempatan dengan pembina dari penduduk setempat.[1] Kemudian, sekolah-sekolah ini mula membentuk persatuan separa rasmi yang disebut Badan Komunikasi Pemuda Remaja Masjid Indonesia (BKPRMI).[10][12] BKPRMI telah melatih guru-guru TPA menggunakan bahan-bahan dan teknik Iqro.[1]

Pengajaran dengan buku Iqro selanjutnya merebak cepat dan sangat banyak digunakan di seluruh Indonesia. Kejayaan ini umumnya dikaitkan dengan meningkatkannya kelajuan pelajar untuk belajar membaca Al-Qur'an jika berbanding dengan kaedah tradisional.[1] Sebahagian penyokong kaedah tradisional berpendapat bahawa kaedah dengan Iqro mempunyai kelemahan kerana kurang "mendalam" dan mengurangi pemahaman terhadap hal-hal yang dipelajari,[13] tetapi pada umumnya para pendukung Iqro mengelak konflik langsung dengan pengajar-pengajar yang telah menggunakan kaedah tradisional.[1] Pada semasa yang sama, kaedah ini juga merebak ke Malaysia. Pada 1994, kerajaan Malaysia menetapkannya sebagai kaedah rasmi pengajaran cara baca Al-Qur'an di sekolah dasar.[14][15] Buku Iqro di Malaysia adalah sedikit berbeza dengan versi asli Indonesia, contohnya, arahan dalam bahasa Melayu standard diberikan dalam huruf Jawi (umum digunakan dalam buku-buku pendidikan Islam di Malaysia) alih huruf Rumi.[16]