Pada tahun 1600, ketika Akbar dalam ekspedisi, Salim memberontak secara terbuka, dan menyatakan dirinya Maharaja. Oleh itu Akbar kembali ke Agra dan memulihkan ketenteraman awam. Putera Salim berjaya naik takhta pada 3 November 1605 lapan hari selepas kematian ayahnya.Salim naik ke takhta dengan gelaran Nur-ud-din Muhammad Jahangir Badshah Ghazi, dan dengan memulakan pemerintahan selama 22 tahun pada usia 36.

Jahangir mengenepikan anak Akbar, Putera Khusrau Mirza kerana dia adalah pewaris seterusnya. Khusrau Mirza dikalahkan pada tahun 1606 dan ditahan di benteng Agra . Sebagai hukuman Khusrau Mirza adalah buta, dan Sikh Guru Arjun (para guru kelima agama) diseksa selama lima hari sampai ia menghilang ketika mandi di sungai .Peraturan Jahangir ditandai oleh toleransi beragama yang sama seperti ayahnya Akbar kecuali masih bermusuh dengan kaum Sikh.

Pada tahun 1622, Khurram ( Shah Jahan ), adik Khusrau Mirza, telah dibunuh dalam satu konspirasi untuk menghapuskan pesaing.Akibatnya, [Parsi]] menawan kota Kandahar. Kesannya, Empayar Mughal kehilangan kawalan ke atas laluan perdagangan ke Afghanistan, Parsi dan Asia Tengah dan berlakunya pencerobohan dari Barat-Utara.