Jose Rizal merupakan anak yang ketujuh dalam keluarga Francisco Rizal Mercado dan Teodora Alonso dan dilahirkan dalam sebuah keluarga Cina-Mestizo yang mewah di Calamba, Provinsi Laguna, Filipina. Rizal merupakan keturunan kelima Domingo Lam-co, seorang saudagar Cina yang telah berhijrah ke Filipina dari Amoy, China akhir abad ke-17. Lam-co berumah tangga dengan seorang wanita keturunan Cina-Mestizo, Inez de la Rosa. Untuk melepaskan keturunannya daripada polisi perkauman yang dikenakan ke atas penduduk Cina oleh kerajaan Sepanyol yang memerintah Filipina pada masa itu, Lam-co menukar nama keluarganya kepada "Mercado". Nama "Mercado" ditukar kepada "Rizal" oleh Jose Rizal sendiri, atas nasihat abangnya, Paciano Mercado, supaya kegiatan kemerdekaan yang dijuang oleh Rizal tidak mempunyai implikasi ke atas keluarganya.