Rizal merupakan pelopor sebuah masyarakat yang terbuka, berbanding dengan tanggapan orang mengenai beliau sebagai seorang ahli revolusi kemerdekaan. Sebagai ketua gerakan Propaganda Movement pelajar-pelajar Filipina di Sepanyol, beliau telah menyumbang beberapa rencana kepada surat khabar La Solidaridad di Barcelona dengan agenda-agenda yang berikut:

• Filipina menjadi salah satu provinsi Sepanyol
• Perwakilan di Cortes (Parlimen)
• Paderi-paderi Filipina dan bukan paderi Sepanyol di gereja di Filipina
• Kebebasan berhimpun dan bersuara
• Hak yang sama di sisi undang-undang (untuk rakyat Filipina dan penguasa Sepanyol)

Jikalau usulan ini diterima, novel yang dikarang Rizal boleh dibenarkan oleh kerajaan untuk disebarkan kepada orang awam. Namun, penjajah Sepanyol tidak bersedia menerima pendapat Rizal dan apabila beliau pulang ke Manila pada 1892, beliau dituduh ingin menggulingkan kerajaan dan dibuang ke Dapitan, Mindanao.

Rizal sekali lagi dituduh bersubahat oleh kerajaan kolonial apabila sebuah gerakan kemerdekaan, Katipunan cuba untuk memberontak. Rizal ditangkap dan dihukum atas tuduhan hasutan (sedition). Rizal menerima hukuman tembak sehingga mati oleh skuad penembak yang akan berlansung di Bagumbayan (kini Rizal Park, di Manila). Beliau diberi peluang untuk menghindari hukuman tersebut dengan berkhidmat sebagai doktor di Cuba, namun beliau menolak tawaran itu. Sehari sebelum hukuman dijatuhkan, beliau telah mengarang sajak, "Mi Último Adiós" (Selamat tinggalku yang Terakhir). Jose Rizal, bersama Mohandas Gandhi dari India dan Sun Yat-sen dari Taiwan boleh dianggap sebagai ketua-ketua kemerdekaan Asia yang ulung.

Hari peringatan kematian Jose Rizal ialah 30 Disember dan ialah hari cuti di Filipina. Petikan daripada surat terakhirnya: Prof. Fernando Blumentritt -

Saudaraku, apabila anda menerima surat ini, saya telahpun meninggal. Besok pada pukul 7, saya akan ditembak: tetapi saya tidak bersalah atas jenayah pemberontakan....