Jose Rizal mula belajar dengan Justiniano Cruz di Laguna. Beliau kemudian pergi ke Manila untuk belajar di Ateneo Municipal de Manila (kini Universiti Ateneo de Manila) di mana beliau meraih ijazah Sarjana Muda pada 1877. Beliau menyambung pelajarannya di Ateneo Municipal untuk meraih ijazah dalah bidang pengukuran dan pemetaan tanah dan pada masa yang sama, belajar di Universiti Santo Tomas dalam bidang sastera dan falsafah. Apabila beliau sedar bahawa ibunya akan menjadi buta, beliau telah bercadang untuk mengambil bidang perubatan (pakar sakit mata) tetapi tidak menamatkan kursusnya kerana beliau berasa pelajar Filipina didiskriminasikan oleh paderi-paderi Dominican yang mengurus universiti tersebut.

Beliau kemudian pergi ke Madrid, Sepanyol untuk menghabiskan kursusnya dalam perubatan walaupun ditentang oleh bapanya. Beliau lulus dengan ijazah perubatan dari Universidad Central de Madrid.