Projek KDE diasaskan pada tahun 1996 oleh Matthias Ettrich, yang mana ketika itu seorang pelajar di Eberhand Karis University of Tubingen. Pada masa itu, beliau tidak berpuas hati dengan beberapa sudut pada ruang atas meja UNIX. Antara rungutan beliau ialah perisian-perisian penggunaan yang terdapat dalam UNIX tidak nampak serupa. Beliau mencadangkan pembangunan bukan setakat set perisian penggunaan, malah sebuah persekitaran atas meja yang lengkap, yang mana pengguna boleh menjangka bahawa semua perisian penggunaan nampak dan berfungsi secara konsisten. Beliau juga mahukan persekitaran atas meja ini mudah digunakan. Kiriman beliau dalam Usenet yang membicarakan perkara ini membuahkan minat orang lain, justeru lahirlah projek KDE. Nama KDE lahir daripada mainan terhadap kata Common Desktop Environment yang sedia ada dalam sistem UNIX. Pada asalnya, K dicadangkan supaya menjadi singkatan kepada Kool, tapi akhirnya komuniti pembangun KDE memutuskan supaya ia tidak membawa apa-apa maksud.

Matthias memilih peralatan Qt (dimiliki oleh Trolltech) untuk membangunkan KDE. Pengatur cara lain mula membangunkan perisian-perisian penggunaan KDE/Qt dengan pesat sekali, dan pada awal tahun 1997, terdapat banyak perisian-perisian penggunaan yang besar dan kompleks mula dilepaskan untuk kegunaan umum. Pada masa tersebut, Qt belum lagi menggunakan lesen perisian bebas, dan ahli Projek GNU mempersoalkan penggunaan peralatan tersebut untuk membina perisian-perisian penggunaan bebas. Dua projek lain pula dimulakan, iaitu Harmony untuk menggantikan perpustakaan Qt, dan GNOME untuk mencipta persekitaran atas meja baru tanpa menggunakan Qt dan dibina sepenuhnya menggunakan perisian bebas.

Versi 1.x

KDE dilancarkan dengan nombor versi 1.0 pada 12 Julai 1998. Pasukan pembangun KDE membuat mengumuman berikut:

"KDE ialah sebuah persekitaran atas meja kontemporari yang telus rangkaian untuk stesen-stesen kerja UNIX. KDE bercita-cita untuk mengisi keperluan paparan atas meja yang mudah digunakan untuk stesen-stesen kera UNIX, serupa dengan persekitaran-persekitaran atas meja yang ada pada MacOS atau Windows95/NT. Kami percaya bahawa sistem pengendalian UNIX ialah sistem pengendalian yang terbaik yang ada pada hari ini. Malah, UNIX telah menjadi pilihan tetap para profesional teknologi maklumat selama bertahun-tahun lamanya. Tiada yang dapat menewaskan UNIX dalam aspek kestabilan, kebolehkembangan dan keterbukaan. Walau bagaimanapun, ketiadaan persekitaran atas meja kontemporari yang mudah digunakan untuk UNIX telah menghalang UNIX daripada menembusi pasaran komputer meja di pejabat dan rumah."Dengan KDE, sekarang sudah terdapat sebuah persekitaran atas meja kontemporari yang mudah digunakan untuk UNIX. Dengan pelaksanaan bebas UNIX seperti Linux, UNIX/KDE membentuk sebuah paltform pengkomputeran bebas dan terbuka sepenuhnya untuk semua orang tanpa sebarang bayaran, termasuklah kod sumbernya untuk diubah suai oleh semua orang. Walaupun terdapat ruang lagi untuk pembaikan, kami percaya bahawa kami telah mempersembahkan alternatif yang baik bagi beberapa gabungan sistem pengendalian/atas meja dagangan dan lazim yang ada pada hari ini. Kami berharap bahawa gabungan UNIX/KDE ini akhirnya dapat membawa pengkomputeran terbuka, boleh diharap, dan stabil kepada komputer biasa."

Pada sekitar November 1998, alatan Qt mula diedarkan secara dwilesen. Pembangun sumber terbuka boleh menggunakan versi Lesen Awam Q (QPL), manakala pembangun perisian hak milik perlu membeli lesen dagangan daripada Trolltech. Pada tahun yang sama, yayasan KDE Free QT ditubuhkan untuk menjamin bahawa Qt akan diedarkan dengan Lesen BSD sekiranya Trolltech ditutup atau Qt versi bebas/sumber dihentikan dalam tempoh 12 bulan. Yayasan Perisian Bebas telah bersuara mengenai keserasian antara lesen QPL dan Lesen Awam Am GNU. Maka, pada bulan September 2000, Trolltech mengumumkan bahawa pustaka QT versi UNIX dilepaskan dengan lesen tambahan, Lesen Awam Am GNU.

Versi 2.x

KDE versi 2 memperkenalkan beberapa pembaikan teknologi-teknologi dalaman. Antaranya ialah DCOP, sebuah protokol komunikasi atas meja, KIO, sebuah pustaka I/O, KParts, sebuah model objek komponen yang membolehkan sesebuah perisian penggunaan dijadikan sebagai modul dalam perisian yang lain, dan KHTML, iaitu sebuah enjin susun atur untuk HTML.

Versi 3.x

KDE versi 3 adalah lebih luas daripada versi-versi sebelumnya. Terdapat enam lepasan besar dalam siri ini. Walau bagaimanapun, perubahan-perubahan antara muka pengaturcaraaan penggunaan antara KDE 2 dan KDE 3 adalah sedikit, oleh itu, ia boleh dilihat sebagai kesinambungan bagi KDE 2. Semua lepasan KDE 3 dibina menggunakan pustaka Qt 3.

Versi 4.x

KDE 4 dibina berdasarkan pustaka Qt versi 4 yang baru. Pengedaran Qt 4 dengan Lesen Awam Am GNU untuk Windows dan Mac OS X membolehkan perisian-perisian penggunaan KDE 4 dikompil dan dijalankan secara natif dalam kedua-dua sistem pengendalian tersebut.

Terdapat banyak perubahan dan teknologi-teknologi baru yang diperkenalkan dalam KDE 4. Paparan atas meja telah diubah suai sepenuhnya dengan penambahan perisian Plasma sebagai penggabung dan pengganti Kicker, KDesktop dan SuperKaramba. Beberapa teknologi lain yang diperkenalkan ialah Phonon sebagai antaramuka multimedia baru, Solid sebagai antara muka pengaturcaraan penggunaan untuk rangkaian dan peranti mudah alih, dan Decibel sebagai rangka kerja komunikasi baru untuk menyepadukan semua komunikasi protokol di atas meja.

KDE 4 menerima banyak pujian dan kritikan daripada orang ramai. Ramai yang memujinya kerana perubahan-perubahan yang mantap dan merupakan 'jawapan' kepada Windows Vista. Namun begitu, KDE 4 juga dikritik kerana kekurangan dalam segi kestabilan dan kesempurnaan. Pasukan pembangun KDE memaklum balas dengan mengatakan bahawa versi 4.0 adalah titik tolak bagi pembangunan yang akan datang, dan kelemahan-kelemahan KDE 4 diperbaiki dan ditujukan untuk pengguna utama dalam versi-versi berikutnya. Versi mini yang terakhir ialah 4.1.2 pada 2 Oktober 2008.