Pentadbiran

Katipunan diperintah oleh Majlis Tertinggi (bahasa Tagalog: Kataastaasang Sanggunian).[7] Majlis Tertinggi Katipunan dibentuk sekitar Ogos 1892, sebulan setelah penubuhan Persatuan ini. Majlis Tertinggi diketuai oleh presiden terpilih (Pangulo), diikuti oleh setiausaha (Kalihim); bendahara (Tagaingat-yaman) dan ejen fiskal (Tagausig). Majlis Tertinggi juga mempunyai anggota (Kasanguni) yang berubah-ubah bilangannya mengikut jawatan presiden. Untuk membezakan jawatan-jawatan presiden yang lebih rendah sanggunian atau majlis (di bawah) presiden Majlis Tertinggi digelar Presiden Agung (bahasa Tagalog: Kataastaasang Pangulo; bahasa Sepanyol: Presidente Supremo).[8]

Ahli-ahli yang terkenal

• Andres Bonifacio (1863–1897) – Supremo, pengasas serta ketua ketiga Katipunan.
• Emilio Aguinaldo (1869–1964) – Presiden Republik Filipina Pertama yang menggantikan Katipunan. Beliau juga merupakan jeneral perang serta ketua puak Magdalo yang membawa kepada kebanyakan kemenangan Katipunan menentang Spain. Sewaktu jawatan presidennya, belaiu mengarahkan pembunuhan Andrés dan Procopio Bonifacio pada tahun 1897 selepas perbicaraan mereka.
• Emilio Jacinto (1875–1899) – diberi jolokan Otak Katipunan. Beliau terlibat dalam beberapa penulisan berkaitan Revolusi tersebut ternasuk Kartilya (Primer).
• Gregoria de Jesús (1875–1943) – isteri Andres Bonifacio sehingga kematiannya di mana Gregoria kemudiannya mengahwini Julio Nakpil. Beliau juga merupakan antara ahli wanita pertama dalam Katipunan.
• Gregorio del Pilar (1875–1899) – terlibat dalam Katipunan melalui penyertaannya dalam tentera Republik Filipina Pertama menentang  Amerika. Beliau terkorban dalam Pertempuran Laluan Tirad.
• Pio del Pilar (1860–1931) – pemimpin divisyen Matagumpay serta salah satu pegawai terdekat Bonifacio. Pio sendiri yang meyakinkan Aguinaldo agar menghukum mati adik-beradik (Andrés dan Procopio) Bonifacio.
• Licerio Gerónimo (1855–1924) – jeneral perang Aguinaldo sewaktu Perang Filipina–Amerika.
• Vicente Lukbán (1860–1916) – digeruni pihak Amerika Syarikat kerana pembunuhan Balangiga sewaktu berlangsungnya Perang Filipina-Amerika.
• Miguel Malvar y Carpio (1865–1911) – komander Katipunan yang menjadi jeneral dalam Republik Filipina Pertama.
• Enrique Pacheco – Alias Resurreccion Macabuhay. Setiausaha Kewangan serta ketua Majlis Macabuhay.
• Macario Sakay- ketua Katipunan di Trozo, Manila, kemudiannya  pengasas Republika ng Katagalugan yang menentang pendudukan Amerika Syarikat dalam Filipina.
• Antonio Soliman
• Paciano Rizal – Abang José Rizal serta kawan rapat Paderi José Burgos sewaktu kecil. Beliau menyertai Katipunan beberapa tahun sebelum kembalinya José dari Dapitan.
• Manuel Tinio (1877–1924) – Jeneral termuda dalam Katipunan dan Republik Filipina Pertama, beliau kemudiannya menjadi gabenor Nueva Ecija antara tahun 1907 hingga 1909.
• Aurelio Tolentino
• Jacinto Tolentino
• Solomon Doma
• Julian Felipe (1832–1835) – penulis lagu kebangsaan Filipina, guru dan ahli Liga Filipina yang kemudiannya berkhidmat sebagai penasihat perundangan Katipunan.