Kementerian ini asalnya merupakan Kementerian Sumber Asli dan Alam Sekitar yang ditubuhkan selepas pengumuman penyusunan semula kabinet baru YAB Perdana Menteri pada 27 Mac 2004.

Satu kombinasi jabatan daripada empat kementerian menghasilkan tanggungjawab kementerian yang baru. Kementerian-kementerian berkenaan adalah:

• Kementerian Tanah dan pembangunan Kooperasi (KTPK);
• Land and Survey (INSTUN)

• Kementerian Sains Teknologi dan Alam Sekitar (KSTAS);
• Kementerian Perdagangan Utama (KPU)
• Kementerian Pertanian (KP)

Pada 10 Mac 2020, Kementerian Tenaga dan Sumber Asli ditubuhkan di bawah kerajaan baharu pimpinan Perikatan Nasional bagi menggantikan Kementerian Tanah, Air dan Sumber Asli selaras dengan penubuhan portfolio kementerian.

Portfolio Air daripada kementerian terdahulu diasingkan sebagai Kementerian Alam Sekitar dan Air.

Portfolio Tenaga daripada Kementerian Tenaga, Sains, Teknologi, Alam Sekitar dan Perubahan Iklim telah dipindah ke kementerian ini.