Ibu negeri Kepulauan Cocos (Keeling) adalah Pulau Panjang manakala petempatan penduduk terbesar adalah kampung Bantam (Pulau Selma). Pemerintahan kepulauan ini berasaskan kepada Akta Pulau Cocos (Keeling) 1955 dan ia bergantung kepada undang-undang Australia. Kepulauan ini ditadbirkan dari Canberra oleh Jabatan Peguam Negara[3] (sebelum 29 November 2007, pentadbiran dijalankan di bawah Jabatan Infrastruktur dan Pengangkutan), melalui pentadbir bukan pemastautin yang dilantik Gabenor Jeneral.[4] Pentadbir terkini adalah Neil Lucas, yang telah dilantik pada 30 Januari 2006 dan beliau juga merupakan Pentadbir bagi Pulau Krismas. Kedua-dua Wilayah ini adalah sebahagian daripada Wilayah Luar Negeri Australia.

Majlis Wilayah Kepulauan Cocos (Keeling) terdiri daripada dengan tujuh buah kerusi. Tempoh penuh bagi memegang kerusi di majlis itu ialah selama empat tahun, walaupun pilihan raya diadakan setiap dua tahun dan dianggarkan beberapa orang ahli bersara pada setiap dua tahun itu. Penduduk Kepulauan Cocos (Keeling) kebiasaanya mengundi bagi kawasan parlimen Lingiari bersama-sama dengan penduduk Pulau Krismas dan pendalaman Wilayah Utara.

Kepulauan ini juga mempunyai angkatan polisnya yang tersendiri. Walau bagaimanapun, aspek pertahanan di kepulauan itu masih dibawah tanggungjawab kerajaan Australia.[2]