Kubu ini dibina semula pada tahun 1639 oleh Shah Jahan. Maharaja Mughal kelima, sebagai istana ibu kotanya yang bekubu di Shahjahanabad, Kubu Merah dinamakan kerana tembok batu pasir merahnya yang besar. Pangsapuri maharaja terdiri daripada deretan astaka, dihubungkan oleh saluran air yang dikenali sebagai Aliran Syurga (Nahr-i-Bihisht ). Kompleks kubu ini "dianggap mewakili puncak kreativiti Mughal di bawah Shah Jahan",[7] dan walaupun istana ini dirancang sesuai dengan prototaip Islam, setiap astaka mengandungi unsur-unsur seni bina khas bangunan Mughal yang mencerminkan perpaduan Parsi, Timurid dan Tradisi Hindu.[8] Gaya seni bina inovatif Kubu Merah, termasuk reka bentuk kebunnya, mempengaruhi bangunan dan kebun di Delhi, Rajasthan, Punjab, Kashmir, Braj, Rohilkhand dan tempat lain.[9]

Kubu itu telah dijarah karya seni dan permatanya semasa pencerobohan Nadir Shah ke atas Empayar Mughal pada tahun 1747. Sebilangan besar struktur marmar berharga kubu tersebut kemudiannya dimusnahkan oleh Inggeris berikutan Pemberontakan tahun 1857.[10] Tembok pertahanan kubu sebahagian besarnya masih selamat, dan kubu tersebut kemudian digunakan sebagai garison. Kubu Merah juga merupakan tempat di mana British membicarakan Maharaja Mughal terakhir, Bahadur Shah II sebelum mengasingkannya ke Yangon (ketika itu Rangoon) pada tahun 1858.[11]

Ia ditetapkan sebagai Tapak Warisan Dunia UNESCO pada tahun 2007 sebagai sebahagian dari Kompleks Red Fort.[9][12]

Kini, Kubu Merah muncul di belakang not ₹ 500 dari Siri Baru Mahatma Gandhi bagi matawang rupee India.[13]