Beliau meninggalkan Death Eater dengan segera setelah Voldemort dikalahkan oleh budak berumur satu tahun, Harry Potter. Malfoy mengatakan bahawa dirinya menjadi Death Eater kerana 'disihir' dengan Sumpahan Imperius oleh Voldemort, dan tidak berniat untuk berkhidmat kepada Voldemort. Walaupun penjelasan ini kemudian diterima oleh Kementerian Sihir, sebahagian yang lain, seperti Arthur Weasley, berfikir bahawa dia berbohong. Dan kemudian, apabila Voldemort telah bangkit kembali, ternyata bahawa segalanya itu adalah satu muslihat kepura-puraannya.

Namun,apabila nyawa anaknya,Draco Malfoy dipertaruhkan oleh Lord Voldemort untuk membunuh Profesor Albus Dumbledore,beliau berubah fikiran.Oleh itu,beliau dan keluarganya mengkhianati Lord Voldemort.Lucius Malfoy dan keluarganya melarikan diri dari bertarung dalam peperangan Hogwarts kedua.Beliau akhirnya mendapat cucu yang bernama Scorpius Malfoy.