Pada bulan April 1644, mahkamah empayar Ming akhirnya mengarahkan Wu Sangui untuk memindahkan tenteranya ke selatan dari kubu beliau di Ningyuan ke Shanhai Pass.[17] Bagaimanapun sudah terlambat dan Wu tidak dapat sampai ke Shanhai Pass sehinggalah 26 April.[18] Khabar angin telah sampai ke Beijing bahawa pemberontak Shun sedang menghampiri ibu kota melalui Juyong Pass, dan Maharaja Chongzhen mengadakan pertemuan terakhir beliau dengan menterinya pada 23 April. Li Zicheng menawarkan maharaja peluang untuk menyerah diri, tetapi rundingan tidak memberi sebarang hasil. Li memerintahkan tenteranya untuk menyerang pada 24 April. Dari ditangkap dan bersemuka dengan golongan pemberontak, Maharaja Chongzhen mengumpulkan seluruh ahli keluarga diraja kecuali anak-anaknya. Menggunakan pedangnya, dia membunuh Gundik Yuan dan Puteri Kunyi, dan memutuskan lengan Puteri Changping. Maharani pula menggantungkan dirinya.[19]

Pada 25 April, Maharaja Chongzhen dikatakan telah berjalan kaki ke Meishan, sebuah bukit kecil yang ketika ini ialah Taman Jingshan. Di sana, sama ada dia menggantung atau mencekik dirinya dengan pengikat pinggang. Dari beberapa akaun, maharaja meninggalkan nota bunuh diri yang berkata, "Saya mati kerana tidak mampu menghadap nenek moyang saya di neraka, kecewa dan malu. Kiranya pemberontak mencerai-beraikan mayat saya dan menyembelih pegawai saya, tapi janganlah mereka merosakkan makam diraja atau membahayakan seorang pun daripada rakyat kita."[20] Menurut seorang hamba yang menjumpai mayat maharaja di bawah pokok, bagaimanapun, perkataan Tianzi (Anak Syurga) hanya satu-satunya bukti bertulis yang ditinggalkan selepas kematiannya.[21] Maharaja telah dikebumikan di Pemakaman Ming.

Golongan Manchus bertindak cepat dalam mengeksploitasi kematian Maharaja Chongzhen: dengan mendakwa "Menuntut bela ke atas kemangkatan maharaja," mereka berkumpul memberi sokongan kepada penyokong setia pasukan Ming dan orang awam. Dinasti Shun bertahan kurang daripada setahun dengan kekalahan Li Zicheng dalam Pertempuran Shanhai Pass. Golongan Manchus berjaya mendirikan Dinasti Qing atas nama Maharaja Shunzhi sebagai penguasa seluruh China. Disebabkan Maharaja Chongzhen menolak untuk memindahkan mahkamah selatan ke Nanjing, kerajaan Qing baru dapat mengambil alih birokrasi di Beijing yang masih lagi dalam keadaan baik, dan membantu atas usaha mereka untuk menggantikan Ming.[22]

Selepas kematian Maharaja Chongzen, tentera setia mengisytiharkan Dinasti Ming Selatan di Nanjing, menamakan Zhu Yousong (Putera Fu) sebagai Maharaja Hongguang. Walau bagaimanapun, pada tahun 1645, tentera Qing mula bertindak balas terhadap sisa peninggalan Ming. Ming Selatan, sekali lagi buntu dengan perbalahan dalaman puak, mereka tidak dapat menahan serangan Qing, dan Nanjing diserahkan pada 8 Jun 1645. Zhu You Song telah ditangkap pada 15 Jun dan dibawa ke Beijing, di mana beliau meninggal dunia pada tahun yang berikutnya. Kegawatan Ming Selatan berterusan sehingga terpaksa pergi jauh ke selatan, dan maharaja terakhir Ming Selatan, iaitu Zhu Youlang, yang akhirnya ditangkap di Burma, dihantar ke Yunnan, dan dihukum mati pada tahun 1662 oleh Wu Sangui.