Manila merupakan salah sebuah bandaraya yang tertua di Asia. Manila pada zaman pra-Sepanyol adalah sebuah kesultanan Melayu Islam. Islam di Manila Kota Seludong dikatakan berasal dari Brunei semasa zaman keagungan dan perkembangan empayar kesultanan Brunei. Nama MANILA sendiri datangnya dari kalimah Arab iaitu Fiamanillah yang bermaksud "Dalam Lindungan Allah". Walau bagaimanapun Islam tidak dapat berkembang pesat di Manila kerana ancaman Sepanyol yang ketika itu sedang melakukan usaha penyebaran agama Kristian. Serangan kali pertama Sepanyol ke atas Kota Manila adalah pada tahun 1570 dan kali kedua pada tahun 1571. Sepanyol yang diketuai oleh Miguel Lopez de Legaspi telah dapat menjatuhkan kerajaan Islam Manila yang dipimpin oleh Raja Sulaiman. Raja Sulaiman adalah orang pertama mati syahid di Filipina dalam menegakkan kekuasaan Islam.

Kemasukan Sepanyol ke Manila telah menyebabkan semua tanda-tanda Islam di kota tersebut dimusnahkan kecuali satu sahaja iaitu Kubu Intramuros. Penakhlukan Sepanyol ini adalah lanjutan daripada kejatuhan Islam di Kota Granada, Sepanyol pada tahun 1492 dengan misi untuk menghancurkan Islam di Timur. Pertembungan mereka dengan orang Islam Filipina memberi kesempatan kepada mereka untuk menjalankan misi kristianisasi ke atas masyarakat Filipina hingga hampir keseluruhan orang Filipina berjaya dikristiankan dan dengan itu berakhirlah kekuasaan Islam di Pulau Luzon. Semasa berada di bawah penjajahan Sepanyol,Manila telah banyak mengalami perubahan. Manila telah dijadikan ibu negeri Filipina dan dibangaunkan menjadi bandar Zaman Pertengahan seperti di Eropah. Walau bagaimanapun pihak Sepanyol menjalankan perdangan yang terhad dengan dunia luar kecuali dengan Tanah Jajahan Mexico. Perdagangan Geliung (kapal besar) telah diwujudkan antara pelabuhan Manila dengan pelabuhan Acapulco di Mexico. Pada November tahun 1762, British telah menduduki Manila daripada tangan Sepanyol akibat permusuhannya dengan Sepanyol yang menyokong Perancis semasa Perang Tujuh Tahun antara Perancis dengan British. Pada Februari 1763 Manila dikembalikan semula kepada Sepanyol.

Pelabuhan Manila dibuka kepada perdagangan dunia pada tahun 1834 dan telah mengembangkan lagi ekonomi Filipina. Pada tahun 1898. Manila telah ditakluki oleh Amerika Syarikat daripada tangan Sepanyol semasa berlakunya Revolusi Filipina menentang Sepanyol. Di bawah pemerintahan Amerika Syarikat, Manila telah mengalami banyah pembaharuan dari segi ekonomi, sosial dan politik. Pada tahun 1935, Manila telah diisytiharkan sebagai komanwel Filipina selama 10 tahun sehingga tahun 1945. Komanwel ini diwujudkan untuk memimpin Filipina ke arah berkerajaan sendiri di bawah pemerintahan Amerika Syarikat. Sepanjang tempoh 10 tahun ini, Filipina telah menjadi sebahagian daripada wilayah Amerika Syarikat dan perlu memberi taat setia kepada kerajaan Amerika.Walau bagaimanapun, komanwel ini terhalang apabila Jepun menyerang Filipina pada tahun 1941. Pada 2 Januari 1942, bandar Manila telah jatuh ke tangan Jepun dan rakyat Filipina telah hidup dengan menderita di bawah pentadbiran Jepun. Pada 27 Februari 1945, Manila telah berjaya dibebaskan oleh Amerika Syarikat daripada tangan Jepun sehinggalah Filipina diberikan kemerdekaan rasmi oleh Amerika Syarikat pada 4 Julai 1946.