Pada asalnya, Narathiwat, bersama dengan Yala adalah sebahagian daripada kerajaan Melayu Patani yang merdeka. Sebelum itu Patani dikenali sebagai Langkasuka, iaitu menjadi Islam. Kemudian jatuh ke tangan Siam dan berada di bawah kerajaan Sukhothai dan kemudiannya Ayuthaya. Setelah kejatuhan Ayutthaya pada tahun 1767, Patani menjadi merdeka semula tetapi kembali kepada Thai sewaktu pemerintahan Raja Rama I. Pada 1909, Thai menakluki Patani akibat perjanjian yang dimeteraikan dengan Empayar British. Narathiwat dan Yala ditadbirkan secara berasingan. Di Yala terdapat sebuah pergerakan pemisah Patani yang kembali aktif pada 2004 setelah lama berdiam diri.