Negara Indonesia Timur dibahagikan kepada lima kediaman yang kemudian dibagi menjadi daerah dan kecamatan, struktur tadbiran yang diwarisi dari Belanda[5] Dalam kediamannya terdapat 13 daerah autonomi.[6] Wilayah-wilayah ini, yang tercantum dalam Pasal 14 Peraturan Pembentukan Negara Indonesia Timur (Peratoeran Pembentoekan Negara Indonesia Timoer), adalah Sulawesi Selatan, Minahasa, Sangihe dan Talaoed, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, Bali, Lombok, Soembawa, Flores, Soemba, Timor dan pulau-pulau sekeliling, Maluku Selatan, dan Maluku Utara.[6] Residensi akan dihapuskan selepas pembinaan pentadbiran berfungsi di 13 wilayah.[6]

Komplikasi struktur ini adalah hakikat bahawa

Lebih dari 75% dari Negara Indonesia Timur terdiri dari wilayah-wilayah otonom, sebanyak 115 pemerintah daerah otonom di bawah pemerintahan rajas (swaprajas). Jawatan ketua pemerintahan autonomi ini diatur oleh apa yang disebut sebagai pengadilan (deklarasi jangka pendek) dan kontrak kontrakten (kontrak jangka panjang); ini sebenarnya dimaksudkan sebagai pengiktirafan oleh Kerajaan Hindia Belanda tentang kedudukan istimewa raja-raja, yang kuasa untuk mentadbir wilayah-wilayah autonomi telah diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya.[7]

Peraturan Wilayah Autonomi pada tahun 1938 memberikan autonomi swaprajasde jure luas tetapi kebanyakan raja adalah boneka pentadbir Belanda.[7] Negara Indonesia Timur berusaha untuk mengurangi kekuatan wilayah raja-raja ini, namun Peraturan Pembentukan Negara Indonesia Timur mewajibkan negara untuk mengenali status khusus mereka.[8]

Kawasan selebihnya dari negeri itu bukan sebahagian daripada swaprajas yang terdiri wilayah yang dikawal secara langsung (rechtstreeks bestuurd gebied).[9] Kawasan yang ditadbir secara langsung termasuk Minahasa, Molucca Selatan, Gorontalo, daerah Macassar dan Bonthain, dan Lombok.

Residensi dan wilayah autonomi

Berikut adalah kediaman dan wilayah autonomi mereka.[6]

• Sulawesi Utara (Soelawesi Oetara)
  • Sangihe dan Talaoed
  • Minahasa
  • Sulawesi Utara
  • Sulawesi Tengah (Soelawesi Tengah)
• Sulawesi Selatan (Soelawesi Selatan)
  • Sulawesi Selatan
• Bali-Lombok
  • Bali
  • Lombok
• Moluccas (Maloekoe)
  • Maluku Utara (Maloekoe Oetara)
  • Maluku Selatan (Maloekoe Selatan)
• Timor
  • Flores
  • Soemba
  • Soembawa
  • Timor dan pulau di sekeliling