Luftwaffe telah di susun dalam struktur besar dan pelbagai yang dipimpin oleh Menteri Penerbangan Jerman (Reichsluftfahrtminister) merangkap Panglima Tertinggi Tentera Udara (Oberbefehlshaber der Luftwaffe - OBdL) Marsyal Empayar Hermann Goering, iaitu pemerintah kedua Reich Ketiga selepas Adolf Hitler. Goering menerusi RLM menguasai segala aspek penerbangan di dalam Jerman termasuk sistem penerbangan awam dan tentera. Luftwaffe secara rasminya ditubuhkan pada 1 Mac 1935 dan Goering menjadi ketuanya. Penyusunan organisasi ini adalah daripada tempoh masa aman sebelum penglibatan dalam Perang Saudara Sepanyol.

Pada awal tahun 1937, Goring mwngumumkan penyusunan semula Kementerian Penerbangan Jerman kepada cawangan tentera dan awam. Cawangan tentera akan dipimpin oleh OKL. Ketuanya adalah orang yang mengepalai staf am. Bagaimanapun, pemisahan tentera dari sistem penerbangan awam belum selesai dan ia berpecah-pecah. Beberapa bahagian cawangan tentera diletakkan dibawah kawalan Inspektor Jeneral Luftwaffe Fil Marsyal Erhard Milch dan ia mengandungi;

• Cawangan Pusat
• Pejabat Perkhidmatan Am Tentera Udara
• Semua Inspektorat

Sebab-sebab pembentukan ini adalah untuk melemahkan Milch, yang telah mendapat perhatian baik dari Parti. Bagaimanapun tahun demi tahun kemudian, Goring sekali lagi mengubah struktur organisasi dengan mengalihkan tiga pejabat daripada Milch dan kawalan Staf Am. Beliau meletakkan ia dibawah kawalannya sendiri iaitu;

• Pejabat Perkhidmatan Anggota - dibawah Jeneral Robert Ritter von Greim
• Pertahanan Udara - dibawah Jeneral Gunther Rudel
• Pejabat Teknikal - dibawah Jeneral Ernst Udet

Perubahan ini menjadikan pejabat-pejabat tersebut pusat kuasa tambahan dalam RLM dan memecahkan lagi organisasi atasan Luftwaffe. Ia juga melumpuhkan fungsi-fungsi bahagian yang penting.