Untuk memacu peperangan Eropah, Luftwaffe memerlukan sebuah markas besar yang setaraf dengan Tentera Darat (Oberkommando des Heeres, OKH) atau Tentera Laut (Oberkommando der Kriegsmarine, OKM). Dengan itu pada tahun 1939, Luftwaffe sekali lagi telah di susun semula. Pujian bagi pembentukan sebuah markas besar tentera udara yang sebenar harus diberi kepada Jeneral Gunther Korten, Panglima Armada Udara 1,dan Ketua Operasinya, Jeneral Karl Koller. Mereka berdua berkempen untuk membentuk satu markas yang bukan dari linkungan Kementerian Penerbangan Goring. Tujuan mereka ialah meletakkan Luftwaffe pada tapak peperangan yang sebenar, dengan mengumpulkan semua bahagian penting RLM kedalam satu markas pemerintahan. Justeru itu pada 5 Februari 1944, Markas Besar Tentera Udara (Oberkommando der Luftwaffe, OKL) telah ditubuhkan. Ia mengandungi;

• Staf Am
• Staf Operasi
• Semua Inspektorat Senjata
• Cawangan Kuartermaster
• Cawangan Semboyan

Lain-lain bahagian seperti latihan, pentadbiran, pertahanan awam dan reka bentuk teknikal kekal dibawah kawalan RLM. Organisasi baru ini terbukti lebih efisien dan berakhir sehingga penghujung perang.

OKL sama seperti OKH dan OKM melapor terus kepada Markas Besar Angkatan Tentera (Oberkommando der Wehrmacht, OKW). OKW hanya bertanggungjawab kepada Hitler bagi hal ehwal operasi ketiga-tiga perkhidmatan tentera. OKL telah dibahagi kepada Markas Medan (1.Staffel) dan Markas Tempatan (2.Staffel). Markas Medan berurusan dengan teater operasi manakala Markas Tempatan kekal eksklusif di Berlin.

OKL juga adalah cawangan operasi Luftwaffe. Ia telah dibahagi secara beroperasi kepada armada-armada udara di peringkat atasan. Pada mulanya ia telah dibahagi kepada empat armada udara (Luftflotte) yang dibentuk mengikut bentuk geografi dan mengikut nombor turutan. Tiga lagi Luftflotten ditambah kemudian apabila peperangan semakin meluas. Setiap Luftflotte adalah entiti yang serba lengkap. Pemimpin armada menyelia keseluruhan operasi udara dan aktiviti bantuan. Bagaimanapun pemimpin pesawat pejuang (Jagdfliegerführer) mengepalai semua operasi pesawat pejuang dan melapor kepada Panglima Armada.

Setiap Luftflotte dibahagi lagi kepada wilayah udara (Luftgaue) dan Kor penerbangan (Fliegerkorps). Setiap Luftgau mempunyai 50 hingga 150 orang pegawai yang dipimpin seorang generalmajor. Ia bertanggungjawab bagi pentadbiran dan struktur logistik serta sumber-sumber setiap lapangan terbang. Fliegerkorps pula mengurus hal ehwal operasi yang berkaitan dengan penerbangan seperti unit gerak atur, kawalan trafik udara, ordnans dan penyelenggaraan.

Semenjak struktur ini memberi bantuan darat pada unit-unit terbang, unit-unit terbang ini diberi kebebasan untuk menggerakkan staf bantuan dari satu tempat ke tempat yang lain mengikut penempatan semula unit. Sebaik saja unit tersebut tiba di lokasi barunya, seluruh staf lapangan terbang akan berada dibawah pemerintahan panglima unit tersebut.