Daerah Papar terkenal sebagai Hab Pendidikan bahagian pantai barat. Di sini terdapat Institut Kemahiran Belia Negara (IKBN) dan Maktab Rendah Sains Mara (MRSM) yang kedua-duanya merupakan yang pertama seumpamanya di Sabah. Kompleks pendidikan boleh dilihat di kawasan Kinarut di mana banyak ditempatkan institusi pengajian seperti IKBN, MRSM, dan Pusat Latihan Koperasi (PULAKOP). Di kawasan ini juga menempatkan dua buah sekolah menengah agama iaitu SMK(A) Tun Datu Mustapha dan SMA Toh Puan Hajah Rahmah yang baru.

Daerah Papar juga memiliki sekolah berasaskan agama yang terbanyak di antara semua daerah di Sabah sebanyak empat buah sekolah, iaitu SMK(A) Tun Datu Mustapha, SMK(A) Limauan, SMA Toh Puan Hajah Rahmah dan SMA Islamiah Papar. Kedua-dua SMK(A) terletak di bawah kelolaan kerajaan persekutuan manakala kedua-dua SMA terletak di bawah kelolaan kerajaan negeri.

Selain itu, daerah ini juga mempunyai banyak sekolah menengah utama seperti SMK Majakir, SMK Takis, SMK Benoni, SM St. Joseph, SMK Kinarut, SMK Bongawan, dan SMK Pengalat selain banyak sekolah rendah di sekitar daerah ini.