Pada 2019, Kerajaan India membatalkan Perkara 370, yang memberikan status istimewa untuk Jammu dan Kashmir. Berita itu memberi kesan kepada seorang jeneral tentera Pakistan yang diserang kanser, Qadir, yang memutuskan untuk membalas dendam terhadap India. Dia menandatangani kontrak dengan Jim, yang mengetuai "Outfit X", sebuah organisasi pengganas swasta. Sementara itu, Pathaan, bekas ejen Sayap Kajian dan Analisis (RAW), dan pegawai kanannya Nandini, membuka unit yang digelar, "Operasi Bersama dan Penyelidikan Tersembunyi" (JOCR), merekrut ejen yang terpaksa bersara kerana trauma atau kecederaan.

Dengan setiausaha bersama RAW, penerimaan Kolonel Sunil Luthra, Pathaan dan pasukannya menuju ke Dubai untuk menghentikan rancangan Outfit X menyerang Presiden India pada persidangan saintifik. Walau bagaimanapun, mereka menyedari bahawa rancangan mereka adalah untuk menculik dua saintis. Jim menyerang konvoi saintis dan Pathaan cuba menghalangnya. Pergaduhan berlaku, di mana Jim berjaya melarikan diri dengan salah seorang saintis. Luthra mendedahkan bahawa Jim adalah bekas ejen RAW, yang telah diisytiharkan mati beberapa tahun lalu, tetapi memalsukan kematiannya untuk membalas dendam terhadap negaranya kerana membiarkan isteri dan anak dalam kandungannya dibunuh di tangan pengganas Somalia.

Sementara itu, Pathaan mengetahui tentang kata kod yang digelar "Raktbeej" dan juga bahawa orang yang mati di Dubai adalah bekas ejen dan wang mereka telah dipindahkan kepada Rubina Mohsin, seorang doktor Pakistan di Sepanyol. Dia pergi ke Sepanyol dan ditangkap oleh orang Jim, di mana dia juga mengetahui bahawa Rubina adalah bekas ejen ISI. Apabila Jim meninggalkan tempat persembunyiannya, Rubina menyerang orang Jim dan melarikan diri bersama Pathaan. Rubina mendedahkan bahawa Raktbeej berada di Moscow, di mana mereka pergi untuk mencurinya sebelum Jim melakukannya. Walau bagaimanapun, Rubina mengkhianati Pathaan dan telah dia ditangkap oleh polis. Ia mendedahkan bahawa Jim menggunakan Rubina untuk membuat Pathaan mencuri Raktbeej untuk dirinya sendiri. Pathaan ditangkap dan dibawa ke penjara, tetapi diselamatkan oleh Tiger.

Tiga tahun kemudian, Pathaan mengembara ke Afrika dan menangkap pengikut Jim, Raafe. Dia bertemu Nandini dan mendedahkan tentang Jim membeli dua peluru berpandu saber, manakala Nandini mendedahkan lokasi Rubina di Paris. Pathaan bertemu dengan Rubina, yang mendedahkan bahawa Raktbeej ialah virus mematikan bermutasi yang direka bentuk oleh cacar, dibuat oleh saintis yang ditangkap Jim. Dia juga menyatakan bersalah kerana mengkhianati Pathaan tanpa mengetahui bahawa negaranya akan merancang serangan sedemikian. Mereka pergi ke makmal Jim di Siberia dan berjaya memulihkan satu bola yang mengandungi virus, manakala Jim melarikan diri dengan yang lain. Pathaan dan pasukannya menuju ke makmal untuk menyediakan vaksin bagi virus itu.

Jim memanggil mereka dan mendedahkan bahawa bola itu telah menyebarkan virus di makmal. Para saintis yang dijangkiti, bersama Nandini, semuanya mati di makmal. Kemudian, makmal dimusnahkan dalam letupan untuk mengelakkan penyebaran virus. Jim memberikan kata dua untuk memindahkan askar India keluar dari Kashmir dalam masa 24 jam. Pathaan menyoal siasat Raafe tentang lokasi peluru berpandu, dan mengetahui bahawa peluru berpandu itu terletak di Afghanistan. Dengan memikat askar Jim ke dalam perangkap, Pathaan dan pasukannya menyerang pangkalan Jim di mana Qadir dibunuh oleh Rubina sebelum mengaktifkan peluru berpandu, yang mengandungi virus. Pathaan mengejar Jim dengan jetpack, dan mereka berdua terhempas ke dalam kabin.

Sementara itu, Rubina menyahaktifkan peluru berpandu, tetapi mendapati Raktbeej tidak berada di dalam peluru berpandu, sebaliknya dalam pesawat penumpang sempadan, yang akan mendarat di Delhi. Dia memberitahu Pathaan, yang mendapati bahawa Jim mempunyai letupan itu. Luthra menghubungi kawalan trafik udara untuk menghalang pesawat itu mendarat di Delhi. Di dalam kabin, Pathaan dan Jim bertarung dengan kejam. Walaupun ditikam oleh Jim, Pathaan mencuri peledak, menyahaktifkan Raktbeej, dan kemudian membunuh Jim dengan melemparkannya dari tebing. Selepas itu, Pathaan dimasukkan semula ke dalam RAW dan dijadikan sebagai ketua JOCR, manakala Nandini dianugerahkan secara anumerta atas keberaniannya.

Dalam adegan pertengahan kredit, Pathaan dan Tiger dilihat memikirkan tentang bersara dan mencadangkan ejen muda yang boleh menggantikan mereka, tetapi akhirnya memutuskan untuk terus melawan ancaman itu sendiri.